پیش بینی ساختار پروتیین اینتگراز ویروس HTLV-1 و همترازی ساختاری ساب تایپ های ایران با سایر نقاط دنیا

شمال شرقی ایران به عنوان یک منطقه اندمیک برای ویروس HTLV-1 شناخته شده است. به ویژه در شهر های مشهد، نیشابور و سبزوار شمار افراد آلوده آمار نگران کننده ای را گزارش میدهد. اهمیت این موضوع هنگامی مشخص می شود که تاکنون هیچ پیش بینی ساختاری روی ژن اینتگراز ویروس HTLV-1 صورت نگرفته است. در این مطالعه ما تلاش می کنیم با تحلیل بیو انفورماتیکی ژن اینتگراز، راه را برای هدف قرار دادن این ژن برای طراحی دارو هموار کنیم. برای این منظور، تعداد 10 نمونه از خون بیماران HTLV-1 مثبت جمع آوری شد. برای تمام نمونه ها تست PCR و بعد از آن تعیین توالی انجام گرفت. توالی های به دست آمده از ایران و همچنین 26 توالی تام ژنوم موجود در NCBI رسم ساختار شده و مقایسه ساختاری روی آنها صورت گرفت. از برنامه های SALIGN و ESPript در پیش بینی ساختار دوم و سوم پروتیین اینتگراز استفاده شد. نتایج کار به این صورت بود که با توجه به نتایج حاصل از پیش بینی ساختار اینتگراز توسط نرم افزار های بیوانفورماتیکی ثابت شد که تمامی توالی ها در ناحیه ی اینتگراز قرابت ساختاری بسیاری دارند که نتایج حاصل در طراحی دارو پر کاربرد خواهد بود.

کلیدواژه ها:

HTLV-1 ، اینتگراز ، تحلیل بیوانفورماتیکی