Calculation and user-friendly reporting of anticipated amplicons from (un)specific primer-binding on bisulfite-treated genomes

سال انتشار: 1396
محل انتشار: هفتمین همایش بیوانفورماتیک ایران
کد COI اختصاصی: IBIS07_017
زبان مقاله: انگلیسی
تعداد مشاهده: 621

نویسندگان

Department of Medical Biotechnology, Tarbiat Modares University, Tehran, postal code: ۱۴۱۱۵-۱۱۶, Iran

چکیده

DNA methylation is an epigenetic mechanism of gene regulation. Most wet-lab DNA methylation analyses are based on bisulfite-treated DNA. Bisulfite treatment of DNA converts unmethylated cytosine nucleotides to uracil, while sparing methylated cytosines [1]. Although searching against modified genome is an important step in primer design, NCBI primer blast does not support searching against bisulfite-treated genomes [2]. This search is essential for designing acceptable methylation specific-primers and bisulfite sequencing primers. We developed an R script that takes 2 or more primers, searches unmodified genome and bisulfite modified genome for exact and non-exact matches and returns a tabulated excel file containing the possible amplicons. The information given are: 1- Length of the resulting amplicon with primers 2-Number of mismatches to the left and right primers, 3-, and a visual guide to the places of mismatches of primers

کلیدواژه ها

primer; mismatch; bisulfite-treated genome, R script

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.