توصیف پروتیین های محافظت شده فرضی از Xanthomonas citri subsp. Citri، با فعالیت محرک تولید اتیلن درگیاه آرابیدوپسیس

  • سال انتشار: 1395
  • محل انتشار: دوفصلنامه مهندسی ژنتیک و ایمنی زیستی، دوره: 5، شماره: 1
  • کد COI اختصاصی: JR_GEB-5-1_004
  • زبان مقاله: فارسی
  • تعداد مشاهده: 393
دانلود فایل این مقاله

نویسندگان

وحید فلاح زاده ممقانی

استادیار گروه گیاهپزشکی دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید مدنی آذربایجان، تبریز، ایران

چکیده

در پژوهش های پیشین از بخش خالص شده پروتیوم باکتری Xanthomonas campestris pv.campestris (Xcc) که قابلیت محرک تولید اتیلن در گیاه آرابیدوپسیس را داشت، حدود 60 پروتیین مختلف شناسایی شدند که از بین آنها هشت پروتیین به عنوان پروتیین فرضی محافظت شده بودند. هدف از انجام این پژوهش توصیف این پروتیین ها توسط ابزارهای بیوانفورماتیک مختلف می باشد. همه پروتیین های مورد بررسی دارای جرم مولکولی متوسطی بودند. پروتیین NP_640497.1 با 43/84 کیلودالتون دارای بیشترین جرم مولکولی بود. نقطه ایزوالکتریک (pI) محاسبه شده برای پروتیین ها بین 5/34 تا 9/5 متغییر بود. نوع خانواده های پروتیینی و دمین های پروتیین ها توسط ابزار پایگاه اطلاعاتی دمین های محافظت شده CDD-Blast و Interpro تعیین شد. از بین موارد مورد بررسی در پروتیین NP_640912.1 دمین HTH (Helix-turn-Helix)، از بخش مرکزی پروتیین NP_640497.1 دمین Enoyl_reductase ، از پروتیین NP_641576.1 دو موتیف متصل شونده به یون کلسیم (EF-hand, calcium binding motif) و در پروتیین NP_643454.1 دمین 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase از بالا خانواده Hot_dog شناسایی شد. سرور COACH برای پیش بینی جایگاه اتصال لیگاند در پروتیین ها مورد استفاده قرار گرفت و ساختار سه بعدی آنها توسط سرور Phyre2 مدل سازی شد. نتایج حاصل از این پژوهش می تواند در شناخت بهتر باکتری Xcc و همچنین شناسایی پروتیین هایی با خاصیت الیسیتوری از این باکتری به کار گرفته شوند.

کلیدواژه ها

زانتوموناس، بیوانفورماتیک، شانکر مرکبات، محرک، پروتیین

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.