ارایه روشی برای بازسازی شبکه ی عملکرد ژنی مبتنی بر دسته بند تک کلاسه با استفاده از زنجیره اسیدآمینه ی پروتیین ها

سال انتشار: 1396
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 651

فایل این مقاله در 6 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

IPRIA03_046

تاریخ نمایه سازی: 13 شهریور 1396

چکیده مقاله:

بررسی پژوهش های که در سال های اخیر بروی تحلیل شبکه های زیستی ارایه شده می توان به اهمیت نقش این شبکه ها در فهم عملکرد سلولی پی برد. بنابراین حوزه جدیدی در بیوانفورماتیک با عنوان زیست سامانه ها )شبکه های زیستی) بوجود آمده است، کهروابط بین اجزا سلول را ازنقطه نظرهای مختلف بررسی می کنند. با توجه به ماهیت شبکه ی عملکرد ژنی، استفاده از این شبکه ها دراولویت بندی ژن های بیماری یا طراحی دارو نسبت به شبکه های زیستی دیگر کارایی بیشتری دارد. اما در بازسازی و مدلسازی اینشبکه ها با چالش های نظیر نامطمین بودن منابع زیستی اولیه ی مختلف، نا متقارن بودن داده های مثبت و منفی اشاره کرد. با توجه بهکاربردها و چالش های که بیان شد، در این پژوهش روشی مبتنی بر رویکرد دسته بندی تک کلاسه با استفاده از ساختار اول پروتیینبه عنوان یک داده ی مطمین اولیه برای پیش بینی یال ها و مدلسازی یک شبکه عملکرد ژنی مطمین ارایه شده است. همچنین برایاستخراج ویژگی از رویکرد آماری خودهمبستگی استفاده شده است. در نهایت به منظور ساخت و ارزیابی شبکه از ارتباطاتهستی شناسی ژن (به عنوان داده استاندارد) استفاده شده است. این روش بروی مجموعه داده مخمر آزمایش شده است که به ترتیب بهدقت 91 و 92 2 درصد دست یافته ایم.

کلیدواژه ها:

شبکه های ارتباط عملکردی ، دسته بند تک کلاسه ، پیش بینی لینک ، شبکه ی هستی شناسی ژن

نویسندگان

علی جلیلوند

دانشجوی دکترا، دانشگاه تربیت مدرس

بهزاد اکبری نودوزقی

استادیار گروه نرم افزار، دانشگاه تربیت مدرس

فاطمه زارع میرک آباد

استادیار گروه علوم کامپیوتر، دانشگاه صنعتی امیرکبیر

باباعلی صفری

دانشجوی کارشناسی ارشد، دانشگاه تربیت مدرس