تشخیص کمپلکس های پروتیینی مبتنی بر رویکرد هسته- افزونه در شبکه برهمکنش پروتیین- پروتیین وزن دار

با توجه به نقش کمپلکس های پروتیینی در انجام بسیاری از عملکردهای سلولی، تشخیص آنها می تواند به درک بهتر فرآیندهای سلولیو توسعه کاربردهای مبتنی بر مهندسی زیستی منجر شود. ازاینرو یکی از چالش های اصلی در حوزه محاسبات زیستی تشخیص کمپلکس هایپروتیینی در شبکه های برهمکنش پروتیین- پروتیین (PPI) است. در بیشتر رویکردهای محاسباتی موجود، نواحی متراکم در شبکه های برهمکنشپروتیینی به عنوان کمپلکس های پروتیینی در نظر گرفته شده اند. این در حالی است که بخش مهمی از کمپلکس های واقعی متراکم نیستند. چالشدوم در این رویکردها وجود نویز زیاد شبکه های برهمکنشی است که باعث کاهش دقت در روش های تشخیص کمپلکس های پروتیینی می شود.بنابراین در این پژوهش مدلی سه لایه برای تشخیص هر دو نوع کمپلکسهای پروتیینی، متراکم و پراکنده پیشنهادشده است. در لایه اول، به کمکدادههای هستانشناسی ژنی اقدام به پاکسازی شبکههای نویزی میکنیم. در لایه دوم، هستهها را که بهعنوان قلب کمپلکسهای پروتیینی استتشخیص میدهیم و در لایه سوم افزونهها را بر اساس معیار تفاوت تعداد یالهای درون ماژولی و بین ماژولی، به هسته اضافه میکنیم. ارزیابیکارایی روش پیشنهادی و مقایسه با روشهای قبلی نشاندهندهی عملکرد بهتر در تشخیص کمپلکسهای پروتیینی متراکم و پراکنده است.

کلیدواژه ها:

کمپلکس های پروتیینی ، وزندار کردن شبکه برهمکنش پروتیینی ، کمپلکس های پراکنده