استفاده از داده های RNA-Seq به منظور بررسی مسیرهای ژنی مرتبط با تقویت و تحریک پاسخ ایمنی در گاو
- سال انتشار: 1396
- محل انتشار: کنفرانس بین المللی کشاورزی، محیط زیست و منابع طبیعی در هزاره سوم
- کد COI اختصاصی: ICAENR01_018
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 1155
نویسندگان
دانش آموخته مقطع دکتری، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان گروه علوم دامی
دانشیار، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان گروه علوم دامی
استادیار، دانشگاه یاسوج، گروه علوم دامی
چکیده
سیستم ایمنی علاوه بر اینکه در برنامه های اصلاح نژادی کمترمورد توجه قرار گرفته است؛ توجه بیشتر به بهبود تولید در دامباعث تضعیف سیستم ایمنی گردیده است. برای بهبود یک سیستم فیزیولوژیک ابتدا باید سازو کار مولکولی آن را به درستیفهمید. در این مطالعه با استفاده از دادههای حاصل از تکنیک توالی یابی رونوشتها، اطلاعات بیولوژیکی مرتبط با مکانیسممولکولی فعال سازی لوکوسیت ها استخراج شده است. این بررسی بر روی داده های رونوشت سلولی لوکوسیت ها با شمارهدسترسی GSE37447 انجام شد. کیفیت داده ها با استفاده از نرم افزار FastQC مورد بررسی قرار گرفت. تعیین ژن ها وایزوفرم ها بعد از اطمینان از کیفیت داده ها، با استفاده از نرم افزار TopHat2 انجام گرفت. تعیین میزان بیان هر ژن و ایزوفرمبه کمک نرم افراز HT-Seq انجام شد. بررسی ژن های متفاوت بیان شده با استفاده از edgeR انجام گردید. آنالیز مسیرهایمتابولیکی بر اساس ژن هایی که تفاوت بیان داشتند، با استفاده از نرم افزار اینترنتی DAVID صورت گرفت. آنالیز مسیرهایمتابولیکی نشان داد، در شرایطی که اندازه گیری های فیزیولوژیکی مبین آن است که سیستم ایمنی به صورت فعال درآمده وقابلیت شناسایی و انهدام پاتوژن توسط این سیستم افزایش می یابد، مسیرهای اسپلایسوزم و ترمیم اتصالات نادرست ژنوم درلوکوسیت ها فعال می شود.کلیدواژه ها
؛RNA-Seq ، مسیرهای ژنی، سیستم ایمنیمقالات مرتبط جدید
- بررسی تنوع زیستی گیاهان مرتعی ارتفاعات کبیرکوه در جنوب دره شهر (استان ایلام)
- عوامل موثر بر میزان پیچان رودخانه های خرم اباد
- ارزیابی کیفیت آب شرب گاوهای شیری در گاوداری های صنعتی حومه مشهد از نظر وجود فلزات سنگین، نیترات و سولفات
- بیو پلیمر پلی ساکاریدی برای مصارف دامپزشکی
- راهکارهای کارآمد کاهش انتشار گازهای گلخانه ای از طریق فناوری کشاورزی هوشمند
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.