بررسی ساختار و عملکرد پروتیین Rhamnogalacturonides degradation RhiN از باکتری Bacteroides xylanosolvens با استفاده از بیوانفورماتیک

آنزیم رامنوگالاکتورونیداز که سبب هیدرولیز پیوندهای گلایکوزیدیک می شود جز آنزیمهای گلایکوزیل هیدرولاز می باشد که عمل تجزیه قندهای پیچیده مانند سلولز، همی سلولز و پکتین را برعهده دارد. این آنزیم در باکتری Bacteroides xylanosolvens که از میکروبیوتای روده محسوب می شود سبب تجزیه دیواره سلولی سلولهای گیاهی می شود و بدین ترتیب در هضم و جذب فیبرهای گیاهی توسط روده انسان بسیار موثر می باشد. پروتیین بررسی شده در این مطالعه Rhamnogalacturonides degradation RhiN از باکتری Bacteroides xylanosolvens می باشد که تا کنون به روش تجربی تعیین ساختار نشده است. در این پژوهش، مدلسازی آنزیم رامنوگالاکتورونیداز با استفاده از نرم افزار مدلر9.17 انجام شد که پس از انتخاب بهترین مدل، کمینه سازی انرژی و ارزیابی کیفی مدل با روشهای محاسباتی موجود انجام شد و در ادامه، جهت بررسی عملکرد آنزیم، میانکنش آن با سوبسترای مناسب (پکتین) با نرم افزارهای داکینگ مورد بررسی قرار گرفت. این بررسی سبب شناسایی اسیدآمینه های مهم دراتصال آنزیم به پکتین شد و نتایج نشان داد که مدل ارایه شده جهت بررسی میانکنش آنزیم- سوبسترا، مدل مطلوبی می باشد.

کلیدواژه ها:

رامنوگالاکتورونان ، بیوانفورماتیک ، Bacteroides xylanosolvens ، پکتین ، مدلر ، داکینگ