هم ترازسازی چند توالیDNA به کمک مدل نگاشت کاهش در پردازش ابری

سال انتشار: 1395
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 452

فایل این مقاله در 9 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

CECCONF02_020

تاریخ نمایه سازی: 10 تیر 1396

چکیده مقاله:

همتراز سازی چند توالی از مهمترین عناوین در تحقیقات زیستشناسی میباشد. همتراز سازی محلی پایه (Blast یک روش اکتشافی است که بهصورت گسترده بهعنوان یک ابزار همتراز سازی در بیوانفورماتیک استفاده میشود. الگوریتم BLAST موازی با کمک سکوی نگاشت کاهش یک روش ساده و موثر را ارایه نموده است که با افزایش حجم پایگاه داده و طول توالی درخواستی عملکردی بسیار خوب و نسبتا خطی دارد؛ اما محدودیت الگوریتم در سایزطولانیترین دنباله است که گسترش و محاسبهی یک عملیات تکراری را دنبال میکند. در این پژوهش مدلی به کمک روش حذف عملیات تکراری در الگوریتم BLAST موازی در راستای کاهش زمان پردازش شبیهسازی شده است. براین اساس برنامه مسیر گسترش قطعه توالی کشفشده همتراز در گسترش قبلی را ذخیره نموده و پیش ازگسترشهای بعدی، درصورتیکه تطابق با مسیر زیر بازه مشترک داشته باشد، اجازهی اجرای گسترش مجدد را بهآنها نمیدهد. نتایج شبیهسازی نشان میدهد به هر میزان طول بازه مشترک و تعداد توالیهای بین پایگاه داده و توالی درخواستی بیشتر باشد، روش پیشنهادی زمان پردازش کمتری خواهد داشت.

نویسندگان

فایزه علی زاده گلستانی

دانشجوی کارشناسی ارشد رشته هوش مصنوعی دانشگاه خیام

تکتم غفاریان مبهوت

عضو هیات علمی گروه مهندسی کامپیوتر دانشگاه خیام

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • _ ضرابی، محبوبه. "آشنایی با بیوانفورماتیک و زیست شناسی محاسباتی". ...
  • Lowe, Jennifer K et al. "Linkage Mapping Of The Primary ...
  • Miller, M. P. _ 'Understanding Human Disease Mutations Through The ...
  • Felsenstein, Joseph. "Inferring Phylogenies From Protein Sequences By Parsimony, Distance, ...
  • Cai, Wei, Jimin Pei, and Nick V Grishin. BMC Evolutionary ...
  • Rosenberg, Michael S. Sequence Alignment. 1st ed. Berkeley: University of ...
  • Kemena, C and Notredame. "Upcoming Challenges For Multiple Sequence Aligment ...
  • Daugelaite, Jurate, Aisling O' Driscoll, and Roy D. Sleator. "An ...
  • Hill, Christopher M et al. "K-Mulus: Strategies For BLAST In ...
  • Yang, Xiao-liang et al. "Parallelization Of BLAST With Mapreduce For ...
  • McClean, Phil. "BLAST: Basic Local Aligment Search Tool" (2004). ...
  • Matsunaga, Andrea, Mauricio Tsugawa, and Jose Fortes. "Cloudblast: Combining Mapreduce ...
  • "Hadoop Tutorial". www. tutorialspoint. com. ...
  • 22 The BLAST Databases". Ftp. ncbi. nlm.nih.gov. ...
  • نمایش کامل مراجع