شناسایی و گروه بندی خانواده عوامل رونویسی WRKYدر جو
- سال انتشار: 1394
- محل انتشار: دوفصلنامه مهندسی ژنتیک و ایمنی زیستی، دوره: 4، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_GEB-4-1_004
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 537
نویسندگان
دانشجوی دکتری
دانشیار، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
استادیار، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویجکشاورزی، کرج، ایران
چکیده
تنش های زیستی و غیرزیستی از مهمترین عوامل محدودکننده عملکرد گیاهان زراعی مانند جوهستند. عوامل رونویسی در تنظیم ژنهای پاسخ دهنده به این تنش ها دخالت دارند که خانوادهژنی WRKYرمز کننده گروه بزرگی از آنهاست. بنابراین شناسایی و مطالعه این خانواده ژنیمیتواند گامی موثر برای ایجاد تحمل به تنش ها در گیاهان باشد. در پژوهش حاضر، دانستنی هایمربوط به اعضای خانواده WRKYجو از پایگاه های داده جمع آوری شدند. با انتخاب یک عضواز هر زیر گروه ژنهای WRKYدر برنج، tBLASTNدر پایگاه داده های IBSCو NCBIانجامشد تا اعضای احتمالی دیگر این خانواده نیز اضافه شدند. بر اساس مدل مخفی مارکوف، جستجوبرای توالی های دارای منطقه حفاظت شده WRKYعلیه همه پروتیین های این خانواده و هر زیرگروه آنها انجام شد. اعضای پیدا شده که شامل 96عضو و یک توالی از هر زیرگروه عواملرونویسی WRKYاز گیاهان آرابیدوپسیس، برنج و گندم بودند، به صورت چندگانه هم ردیفشده و درخت فیلوژنتیک آنها رسم شد. توالی های موجود بر مبنای تعداد پهنه های WRKYوساختار انگشت روی موجود در سه گروه دسته بندی شدند. بر این اساس 13پروتیین در گروه 30،Iپروتیین با ساختار انگشت روی Cx7Cx23HxCدر گروه IIIو بقیه پروتیین ها با ساختار انگشتروی Cx4-5Cx22-23HxH در گروه IIقرار گرفتند. با توجه به نقش گروه IIIدر تحمل گیاه بهتنش های زیستی و غیر زیستی، فزونی درصد حضور اعضای این گروه در جو همانند گندم نسبت بهمیانگین گیاهان عالی را میتوان با مضاعف شدگی در اجداد وحشی تک لپه ای ها و انتخاب طبیعیبرای ارقام مقاومتر در شرایط نامساعد محیطی در ارتباط دانستکلیدواژه ها
جو،خانواده ژنیWRKY،درخت فیلوژنتیک،عوامل رونویسی،مدل مخفی مارکوفمقالات مرتبط جدید
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.