اسما ایوازده - گروه تحقیقاتی پایگاه داده، قطب علمی کنترل و پردازش هوشمند، دانشکده مهندسی برق و کامپیوتر، دانشگاه تهران
جواد ظهیری - گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران
مسعود رهگذر - گروه تحقیقاتی پایگاه داده، قطب علمی کنترل و پردازش هوشمند، دانشکده مهندسی برق و کامپیوتر، دانشگاه تهران

کمپلکس های پروتئینی به صورت گروه هایی از پروتئین ها تعریف می شوند که با همکاری یکدیگر فرآیند زیستی خاصی را انجام میدهند.تشخیص کمپلک سهای پروتئینی با استفاده از شبکه برهمکنش پروتئین-پروتئین، می تواند به فهم بهتر مکانیزم سلول ها کمک کند و برایاهداف درمانی مثل کشف دارو مورد استفاده قرار گیرد. خوشه بندی شبکه های برهمکنش پروتئینی یکی از روشهای متداول در استخراجکمپلکس های پروتئینی است. الگوریتم های خوشه بندی پیشنهاد شده، یا به تنهایی از توپولوژی شبکه برهمکنش پروتئینی و یا از ترکیبتوپولوژی شبکه و بینش های زیستی برای تشخیص کمپلکس های پروتئینی استفاده می کنند. همه ی این الگوریتم ها به عنوان ورودی،شبکه ای از برهمکنش های پروتئینی دریافت می کنند، این در حالی است که قابلیت اطمینان داده های مربوط به این برهمکنش ها که ازروشهای با توان عملیاتی بالا استخراج می شوند، کم است.در این پژوهش، با استفاده از اطلاعات پروتئین های همولوگ میان گونه های مختلف، سعی در ایجاد شبکه برهمکنش پروتئین-پروتئینشده و از این شبکه جدید به عنوان ورودی الگوریتم های خوشه بندی استفاده می شود. نتایج حاصل از معیارهای ارزیابی برای حالتی که شبکهبرهمکنش پروتئینی به دست آمده از روش پیشنهادی به عنوان ورودی به الگوریتم های تشخیص کمپلکس داده شود، نسبت به زمانیکهشبکه استاندارد طلایی به عنوان ورودی الگوریتم ها داده شود، نشان داد که استفاده از اطلاعات تکاملی بین گونه ها می تواند در تشخیصکمپلکس های پروتئینی موثر باشد.

کمپلکس های پروتئینی، شبکه ی برهمکنش پروتئین-پروتئین، الگوریتم های خوشه بندی، اطلاعات پروتئین های همولوگ