Computer Aided Design of a Luciferase Like Haloalkane Dehalogenase Enzyme by Homology Based Rational Protein Design (HRPD) Method
- سال انتشار: 1394
- محل انتشار: فصلنامه گزارش های زیست فناوری کاربردی، دوره: 2، شماره: 4
- کد COI اختصاصی: JR_JABR-2-4_001
- زبان مقاله: انگلیسی
- تعداد مشاهده: 664
نویسندگان
School of Life science, Sambalpur University, Jyoti vihar, Burla, Odisha, India
School of Biological Sciences, National Institute of Science Education and Research (NISER), Bhubaneswar, Odisha, India
School of Life science, Sambalpur University,Jyoti vihar, Burla, Odisha, India
چکیده
Rational protein design is an important aspect to introduce novel characters to the enzymes. In this report, we describe a procedure for in-silico design of a novelhaloalkane dehalogenase protein that exhibits luciferase property, which can be potentially used in biosensor applications. The haloalkane dehalogenase have aclose structural homology with a lucifearse was used as the starting structure for design. Amino acids that are frequently interacts with the chromophre (colentrizine)was analyzed by docking and molecular dynamics simulation. The amino acids Asp170, Lys192, Arg193, Lys259, and Lys261 were selected in the enzyme structurefor substitution purpose to generate mutant enzyme. Following several selection strategies, it was observed that the protein substituted with Phe in all the positions is the best one which was further validated by a 10 ns molecular dynamicssimulation. The designed protein is then analyzed for its substrate specificity towards 10 selected toxic haloalkane compounds. The result shows, that thedesigned protein has also improved the substrate specificity towards four toxic pollutants.کلیدواژه ها
Protein Design, Chromophore, Luciferase, Haloalkane Dehalogenase, Docking, Molecular Dynamics Simulationمقالات مرتبط جدید
- تولید آنتی بادی پلی کلونال مونواسپسیفیک جهت شناسایی باکتریهای جنس سالمونلا
- بررسی فراوانی سویه های مدرن و اجدادی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس بر اساس نشانگر TbD۱ در شمال غرب ایران
- The impact of the gut microbiome on metabolic, psychiatric, and immune diseases
- پیشگیری از سرطان خون سفری به سوی زندگی سالمتر
- Investigating the Effect of Pulegone and Neomenthol Compounds in Cancer Inhibition Using Molecular Docking
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.