انتخاب ژن و پیش بینی سرطان با استفاده از داده های میکروآرایه

  • سال انتشار: 1395
  • محل انتشار: اولین کنفرانس بین المللی دستاوردهای نوین پژوهشی در مهندسی برق و کامپیوتر
  • کد COI اختصاصی: CBCONF01_0361
  • زبان مقاله: فارسی
  • تعداد مشاهده: 1024
دانلود فایل این مقاله

نویسندگان

محمد برزگر

دانشجوی کارشناسی ارشد مهندسی کامپیوتر نرم افزار،دانشگاه آزاد اسلامی واحدتبریز

علی اصغر پورحاجی کاظم

عضو هیئت علمی دانشگاه آزاد اسلامی واحد تبریز،گروه مهندسی کامپیوتر

چکیده

با توسعه تکنولوژی میکروآرایه این امکان برای زیست شناسان فراهم شده است که سطوح تجلی ده ها هزار ژن را در یکآزمایش اندازه گیری نمایند. مطالعات، حاکی از آن است که از داده های بیان ژن میکروآرایه می توان برای طبقه بندی بسیاری ازبیماری ها از جمله سرطان استفاده نمود. چالش برانگیزترین نکته در استفاده از فناوری میکروآرایه این است که همواره تعداد ژنهابسیار بیشتر از تعداد نمونه ها می باشد، به طوریکه می تواند دقت دسته بندی نمونه ها را تحت تاثیر خود قرار داده و آن را کاهشدهد.از آنجاییکه ژن های خانه دار در تمامی سلول ها به میزان یکسان بیان می شوند. وجود این ژنها در الگوریتم های طبقه بندیعلاوه بر اینکه افزونگی را بالا می برد، کارایی محاسبات را کاهش می دهد. لذا با فیلتر کردن این ژن ها می توانیم دقت طبقه بندی رابالا ببریم. تاکنون روشهای بسیاری برای کاهش ابعاد داده های میکروآرایه ابداع شده است، مسئله اینجاست که ژن های انتخابشده با این روش ها شباهت زیادی با یکدیگر دارند. برای طبقه بندی ایده آل نمونه ها، داشتن مجموعه کوچکی از ژن های موثر ومتمایز، حائز اهمیت است. در این مقاله ابتدا از طریق تحلیل ضریب همبستگی، ابعاد داده های میکروآرایه را کاهش خواهیم داد، باانجام این کار حجم داده های پردازشی کمتر و عملیات داده کاوی سریعتر انجام می شود. در نهایت با استفاده از روش ترکیبیالگوریتم ژنتیک و ماشین بردار پشتیبان، ژن های بهینه ای که دارای بیشترین تاثیر در طبقه بندی بیماری سرطان هستند شناساییمیشوند. نتایج پیادهسازی روش پیشنهادی بر روی دو مجموعه داده ALL_AML و MLL نشان می دهد که الگوریتم پیشنهادی ازصحت طبقه بندی بالایی در مقایسه با سایر روش های موجود برخوردار بوده، قادر است مجموعه کوچکی از ژنهای حاوی اطلاعاترا به گونه ای انتخاب کند، که باعث بهبود دقت پیش بینی نمونه های سرطانی شود.

کلیدواژه ها

میکروآرایه، انتخاب ژن، ژن های خانه دار، ضریب همبستگی، ماشین بردار پشتیبان، الگوریتم ژنتیک، طبقه بندی

مقالات مرتبط جدید

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.