A New Misalignment-Resistant Algorithm for Microarray Gridding Based on Correlation

سال انتشار: 1394
محل انتشار: کنفرانس ملی فن آوری، انرژی و داده با رویکرد مهندسی برق و کامپیوتر
کد COI اختصاصی: TEDECE01_618
زبان مقاله: انگلیسی
تعداد مشاهده: 738

نویسندگان

Department of Electrical, Computer and IT Engineering, Qazvin Branch, Islamic Azad University, Qazvin,Iran

Professor of Electrical Engineering, AmirKabir University of Technology, Tehran, Iran

چکیده

Using a various types of microarrays based on multiple biological objects has been grown over recent years and different printing technologies and software solutionsfor extracting data from printed slides have been developed subsequently. Subject to the complexity of printing spots which are made from biological materials, in small scales,there are some printing imperfections including misalignment of spots. One possible way to overcome these problems is using image processing techniques. In this paper, we propose some post-processing algorithms to refine gridding lines which are resulted from autocorrelation-based gridding approaches. The gridline refining algorithm works based on comparison of Pearson Correlation Coefficient(PCC) values of some sequences which are computed from mean or sum of rows and columns in the corresponding directions. Experimental results are shown that the underlying algorithms are successful to correct misalignment of spots and omission of incorrect rows and columns

کلیدواژه ها

Miroarray; statisitical pattern recognition; bioinformatics; image proccesing; spot misalignment

مقالات مرتبط جدید

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.