روح الله شاملو دشت پاگردی - دانشجوی دکتری اصلاح نباتات، بخش زراعت و اصلاح نباتات دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز
هومن راضی - استادیار بخش زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز
اسماعیل ابراهیمی - استادیار بخش زراعت و اصلاح نباتات دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز

توالی یابی RNA یا RNA-Seq روشی است که در سال های اخیر برای نمایه پایی ترانسکریپتوم توسعه یافته است وامکان شناسایی و نمایه یابی RNA های غیر کد کننده کوچک را با دقتی بالا و در تعدادی بسیارزیاد فراهم آورده است. RNAهای غیرکدکننده کوچک از طریق مکانیسم های خاموش کردن ژن طی رونویسی (TGS) یا خاموش کردن ژن پس از رونویسی (PTGS) بیان بسیاری ازژن ها را کنترل می نمایند. در این پژوهش با استفاده از پایگاه های داده ی مربوط به RNA های کوچک و ابزارهای بیوانفورماتیک و با بکارگیری روش های آماری، مقایسه دو کتابخانه RNA های کوچک مربوط به سنبله گندم در شرایط نرمال (731975 توالی) وآلودگی به قارچ فوزاریوم (1429467 توالی) انجام شد. RNA های کوچک با بیان افتراقی بین دو شرایط ، نوع RNA های کوچک (miRNAیا siRNA بودن) و حفظ شده با جدید بودن ان ها شناسایی گردید. ژن های هدف برخی از توالی ها که بیشترین تفریق بیان را نشان داده بودند مشخص شد و شبکه ژنی بین آن ها تعیین گردید. نتایج نشان داد 11446 توالی دارای بیان افتراقی طی آلودگی به قارچ بودند. بررسی ژن های هدف و شبکه ژنی نیزنشان داد که عمده ژن های هدف از دسته عوامل رونویسی و به خصوص عوامل رونویسی اختصاصی گیاهان نظیر Squamosa promoter-binding protein-like (SPL) و Homeodomain-leucine zipper (HD-Zip) بودند.

گندم،RNA های کوچک، بادزدگی سنبله، فوزاریوم