Multiple sequenc e alignment using biological features classification

  • سال انتشار: 1393
  • محل انتشار: اولین کنفرانس بین المللی مهندسی دانش،اطلاعات و نرم افزار
  • کد COI اختصاصی: ICKIS01_035
  • زبان مقاله: انگلیسی
  • تعداد مشاهده: 787
دانلود فایل این مقاله

نویسندگان

Arezoo besharati

Imam Reza International University Mashhad, Iran

Mehrdad jalali

Faculty member of Islamic Azad university, Mashhad branch Mashhad, Iran

چکیده

Multiple biological sequences alignment like protein sequences or DNA/RNA in order to discover the functions, structures and evolutionary relationships among species andalso discovering drugs is a fundamental study in bioinformatics. Unfortunately the multiple sequence alignment is a NP-completeproblem and the reliability of the existing algorithms is not so high. The objective of our study was to improve multiple sequence alignment using biological features such as secondary structure of the sequences available in knowledge databases like SWISSPROT to achieve a more reliable alignment. We alsoprovide a new method for grouping the similar sequences using biological features. The results of our tests on these databasesindicate that the accuracy of the provided FCB MSA algorithm is much more than the existing alignment tools such as TCOFFEEand MAFFT.

کلیدواژه ها

Bioinformatics, Clustering, Multiple sequence alignment, Scoring function

مقالات مرتبط جدید

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.