بررسی بیوانفورماتیکی ژن سکوالن سینتاز در گونههای مختلف گیاهی
- سال انتشار: 1391
- محل انتشار: چهارمین همایش بیوانفورماتیک ایران
- کد COI اختصاصی: IBIS04_176
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 916
نویسندگان
دانشجوی کارشناسی ارشد اصلاح نباتات پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه رازی
دانشیار گروه زراعت و اصلاح نباتات پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه رازی
استادیار گروه زراعت و اصلاح نباتات پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه رازی
چکیده
شیرینبیان یکی از مهمترین گیاهان دارویی میباشد که حاوی تریترپن فعال ساپونین (گلیسریزین) است. از میان ژن های موجود در این گیاه ژن سکوال ن سینتاز (Squalene Synthase) نقش تنظیم کنندگی مهمی در بیوسنتز تریترپن ساپونین ایفا می کند. بیان بالای ژن سکوالن سینتاز(SQS) روی تجمعگلیسریزین و ساپونین های تریترپن تأثیر می گذار د. در این مطالعه توالی های گزارش شده ژنSQS در گون ههای مختلف گیاهی مورد آنالیزهایبیوانفورماتیکی قرار گرفت، که به این منظور از پایگاههای اطلاعاتی NCBI و نرم افزارهای CLC Main workbench5 و DNA stare استفاده شده است. بااستفاده از این نرم افزارها، آنالیزهایی از قبیل تعیین شباهت بین توالیهای مختلف و ترسیم درخت فیلوژنتیکی انجام گرفت. از مجموع تعداد87 ژن گزارششده در دیتا بیس برای ژن SQS، 14 ژن مربوط به گونه های مختلف شیرین بیان می باشد و 73 ژن در سایر جن سها از قبیل سویا و غیره م یباش د. نتیجههمردیفی (Alignment) نشان داد که بیشترین شباهتها مربوط به توالیهای SQS در شیرین بیان می باشد و کمترین تشابه مربوط به Glycyrrhiza glabra با Psammosilene tunicoides م یباشد. مطالعه درخت فیلوژنتیکی ترسیم شده نشانگر قرار گرفتن توالیهای مربوط به Glycyrrhiza glabraPsammosilene tunicoides در یک گروه (با حداکثر شباه ت) میباشد که این گروه با Glycyrrhiza uralensis (GQ266154.1)و (D86409.1) .بیشترین فاصله را دارد (EF585250.1)کلیدواژه ها
شیرینبیان، سکوالن سینتاز، همردیفی ،درخت فیلوژنیمقالات مرتبط جدید
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.