ررسی مقایسه ای ترنسکریپتوم برگ برنج تحت شرایط نرمال و تنش خشکی با استفاده از دادههای EST
- سال انتشار: 1391
- محل انتشار: چهارمین همایش بیوانفورماتیک ایران
- کد COI اختصاصی: IBIS04_171
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 842
نویسندگان
بخش بیوانفورماتیک پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران
بخش بیوانفورماتیک پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران
بخش بیوانفورماتیک پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران
بخش بیوانفورماتیک پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران
چکیده
با توجه به قرار گرفتن کشور ایران روی کمربند مناطق خشک و نیمهخشک جهان، تولید برنج تحت تاثیر تنشهای محیطی به ویژه تنش خشکی حائز اهمیتم یباشد. با افزایش سریع داد ههای EST، آنالیز الکترونیکی بر اساس روش های آماری جهت مطالعات پروفایل بیان ژن روشی معمول شده است. این داد هها وابزا رهای آنالیز راهی را به سوی کشف پاسخ گیاهان به تنش گشوده است. در این پژوهش، دادهها از دو کتابخانه که شامل ESTهای مربوط به برگ گیاه برنجدر حالت نرمال و تنش خشکی بودند از پایگاهداده NCBI، قسمت Unigene انتخاب شدند. سپس با استفاده از نر مافزار آنلاینEgassembler ویرایش،دسته بندی و هم گذاری شدند. توالیهای کانتیگ و سینگلتون هر کتابخانه با استفاده از نرم افزار CLC Protein Workbench با بانک توالی پروتیین گیاهآرابیدوپسیس بلاستx شدند، سپس با در نظر گرفتن Evalue≤1E-5 گروه کارکردی آن ها در سایت گیاه آرابیدوپسیس (Tair) مشخص شد. در شرایطتنش خشکی، در مورد اجزای سلولی، تعداد ژنهای مربوط به ریبوزوم و دیواره سلولی 26 درصد و میتوکندری 03 درصد افزایش و تعداد ژنهای کلروپلاستو پلاستید 42 درصد کاهش نشان دادند. در زمینه عملکرد مولکولی، مولکول های ساختاری06 درصد افزایش، فعالیت ترنسپورترها، کیناز ها و عوامل رونویسیبه ترتیب 62 و 61 درصد کاهش داشتند. در گروه بندی عملکردی بر اساس فرآیندهای زیستی، تعداد ژن های پاسخدهنده به تنش، محر کهای زیستی یاغی رزیستی و متابولیسم DNA یا RNA به ترتیب 61، 31 و 12 درصد افزایش نشان دادند. در ادامه برای تعیین بیان افتراقی ژ نها بین دو کتابخانه ذکرشده، از نرمافزار IDEG6 استفاده شد. 4012 EST دارای کد Unigeneانتخاب و با این نرم افزار مورد آنالیز آماری Audic & Claverieقرار گرفتند که درشرایط تنش خشکی و نرمال، تفاوت بیان 64 ژن در سطح پنج درصد معن یدار بو د. به عنوان مثال در شرایط تنش خشکی، تایرودکسینh ، پروتیینریبوزومی S15 و تریوز فسفات ایزومراز، افزایش بیان و پیشساز ایزوفرم بزرگ روبیسکو اکتیواز و زیر واحد کوچک 1 و 5 بیس فسفات کربوکسیلاز کاهشبیان داشتندکلیدواژه ها
برچسب توا لیهای بیان شده (EST)، گروهبندی عملکردی، ژنهای متفاوت بیان شدهمقالات مرتبط جدید
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.