پیشگویی نوع تومور ریوی با استفاده از مدل های SVM بر اساس خصوصیات ساختاری و فیزیکوشیمیایی پروتئین های درگیر
- سال انتشار: 1391
- محل انتشار: چهارمین همایش بیوانفورماتیک ایران
- کد COI اختصاصی: IBIS04_062
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 985
نویسندگان
آزمایشگاه بیوفیزیک و زیست شناسی مولکولی، مرکز تحقیقات بیوشیمی و بیوفیزیک، دانشگاه تهران، تهران، ایران
گروه زیست شناسی، دانشگاه علوم و گروه تحقیقاتی بیوانفورماتیک، دانشگاه قم، قم، ایران
گروه علوم جانوری، دانشکده منابع طبیعی و کشاورزی، دانشگاه تهران، کرج، ایران
گروه زیست شناسی، دانشکده علوم و گروه تحقیقاتی بیوانفورماتیک، پژوهشکده سبز، دانشگاه قم، قم، ایران
چکیده
سرطان ریه یکی از بیماری هایی است که تشخیص آن بسیار سخت است. میزان بقای این نوع سرطان حدود 15٪ است. به منظور بهبود نرخ بقا، مانیاز به روش تشخیصی سریع برای تمایز بین تومورهای ریوی با یاخته های کوچک (SCLC) از تومورهای ریوی با یاخته های بزرگ(NSCLC) داریم، زیر ا بیماران مبتلا بهNSCLC متفاوت از کسانی است که مبتلا به تومور SCLC هستند، درمان می شوند. در این مطالعه ،ما یک سیستم معتبر تشخیصی براساس خصوصیات ساختاری و فیزیکی مشتق شده از توالی پروتئین های درگیر در هر نوع از تومورهای ریه، پیشنهاد می کنیم. این سیستم معتبر دارای دو مرحله است. 1. استخراج داده ها و انتخاب خصوصیات مهم. 2. طبقه بندی و پیش بینی. در مرحله ی استخراج داده ها، پروتئین هایی که در هر نوع از تومورهای ریه درگیر هستند با استفاده از ژن های تعریف شده توسط تجزیه و تحلیل های میکرواری به دست آمدند و 1497 خصوصی ت این پروتئین هاتوسط سرور PROFEAT محاسبه شد. سپس ویژگی های مهم مانند همبستگی، ترکیب دی پپتیذها و توصیفگر توزیع با استفاده از21 مدل وزن دهی انتخاب شدند. در مرحله دوم، هفت مدلSVM بر روی FCdb و مجموعه داده های به دست آمده از مدل های وزن دهی پیاده شد. علاوه بر این، دو مدل اعتبارسنجی برای جلوگیری از خطاها استفاده شده است. نتایج پروسه ی ما نشان داد که دقت پیش بینی نوع تومور ریوی (NSCL ،SCLC یا مشترک) حدود 76/18 درصد به دست آمد.کلیدواژه ها
طبقه بندی و پیشگویی سرطان ریه، خصوصیات ساختاری و فیزیکوشیمیایی ،مدل های وزن دهی و SVMمقالات مرتبط جدید
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.