یک الگوریتم مکاشفهای برای حل مسئله ی معکوس تاشدگی ساختار RNA

سال انتشار: 1391
محل انتشار: چهارمین همایش بیوانفورماتیک ایران
کد COI اختصاصی: IBIS04_005
زبان مقاله: فارسی
تعداد مشاهده: 929

دانلود فایل این مقاله

نویسندگان

محمد گنج تابش

گروه علوم کامپیوتر، دانشکده ریاضی، آمار و علوم کامپیوتر، دانشگاه تهران، تهران، ایران.

سیده مارال ضیایی

گروه علوم کامپیوتر، دانشکده ریاضی، آمار و علوم کامپیوتر، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران

سید شهریار عرب

گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران

چکیده

عملکرد مولکول RNA اغلب وابسته به ساختار فضایی آن است. از این رو مسئله طراحی رشته نوکلئوتیدی یکRNA که به ساختار خاصی تا بخورد برای زیست شناسان، پزشکان و داروسازان حائز اهمیت است. این مسئله به مسئله معکوس تاشدگی معروف بوده و بدین صورت تعریف می شود که برای یک ساختار دوم RNA داده شده، هدف پیدا کردن دنباله نوکلئوتیدی است که ساختار دوم آن (با حداقل انرژی آزاد) مشابه با ساختار داده شده باشد. رویکردی که برای حل این مسئله در پیش گرفته شد بدینصورت است که ابتدا مولفه های تشکیل دهنده ساختار دوم هدف را بدست آورده و برای هر کدام از این مولفه ها رشته نوکلئوتیدی بهینه را با استفاده از یک الگوریتم مکاشفه ای محاسبه میشود، سپس رشته های نوکلئوتیدی این عناصر با هم ادغام میشوند تا رشته نوکلئوتیدی متناظر با ساختار هدف بدست بیاید. با توجه به زمان بر بودن الگوریتم های تاشدگی، مزیت این رویکرد نسبتبه رویکردهای موجود در این است که استفاده از این گونه الگوریتم ها را به حداقل رسانده و انتظار می رود نتایج بهتری نسبت به رویکردهای موجود ارائه شود

کلیدواژه ها

ساختاردوم ،RNA ، تاشدگی،معکوس تاشدگی

مقالات مرتبط جدید

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.