مطالعه نواحی پالیندرومی در ژنوم برنج با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک
- سال انتشار: 1392
- محل انتشار: اولین همایش سراسری کشاورزی و منابع طبیعی پایدار
- کد COI اختصاصی: NACONF01_0554
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 1549
نویسندگان
دانشجوی کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی،دانشگاه زنجان
استادیار گروه بیوتکنولوژی دانشگاه شهید بهشتی تهران
استادیار گروه آمار دانشگاه زنجان
چکیده
از آنجا که ژنوم برنج به طور کامل توالی یابی شده است،امکان کاوش این ژنوم با ابزار بیوانفورماتیک جهت یافتن نواحی خاص باخصوصیات معین وجود دارد.به همین منظور مطالعه ای باهدف جستجو وغربال کل ژنوم برنچ برای شناسایی نواحی پالیندرومی،تعیین موقعیت فیزیکی نواحی پالیندرومی در ژنوم،تعیین فراوانی نواحی پالیندرومی درهر کروموزوم ومطالعه پراکنش نواحی پالیندرومی در مناطق بین ژنی و نواحی رمز کننده ژنوم انجام شد. دستورات مناسب در نرم افزار آماری R با لحاظ پارامترهای خاص نوشته شد و ژنوم برنج کاووش گردید. نتایج نشان داد که به طور کلی فراوانی نواحی پالیندروم در ژنوم برنج بالا بوده و هر کروموزوم دارای فراوانی متفاوتی از پالیندروم ها می باشد به طوری که کروموزوم 1 بیشترین و کروموزوم 12 کمترین فراوانی پالیندروم را دارد. همچنین مشخص شد که به طور میانگین نواحی پالیندرومی هر کروموزوم با حدود 20% ژن های همان کروکوزوم همپوشانی دارند که این همپوشانی ها در نواحی تنظیمی ژن ها، نقاط اگزونی و نقاط اینترونی پراکنده شده است. علاوه بر آن نتایج نشان داد که کروموزوم های مختلف دارای شاخص های تراکم متفاوتی می باشند به طوری که کروموزوم 8 بیشترین ( 41/8 پالیندروم بر سانتی مورگان ) و کروموزوم 3 کمترین ( 33/ بر سانتی مورگان ) میزان شاخص تراکم را دارا می باشد. بر اساس نتایج این تحقیق می توان نتیجه گیری نمود که ژنوم برنج مملو از نواحی پالیندروم بوده که گوناگونی بیشتر آن را در طی تکامل رقم زده اند.کلیدواژه ها
بیوانفورماتیک،کوروموزوم،پالیندروم،برنج،ژنوممقالات مرتبط جدید
- بررسی خواص فیزیک وشیمیایی پلیمرهای زیستی خارج سلولی تولیدشده توسط گونه هایجنس نوستوک
- زعفران، جادوی طبیعت در علم تغذیه و داروسازی
- بررسی روند شاخص سطح برگ و اثر آن بر ماده موثره سیلیبین با مصرف انواع کود و زمان مصرف نیتروژن درگیاه دارویی ماریتیغالSilybum Marianum L
- بررسی نقش سیل یمارین در مهار سلول های سرطانی
- ارزیابی و مقایسه خصوصیات فیزیکوشیمیایی و ترکیبات آنتی اکسیدانیمیوه و هسته ی ارقام خرمای شاهانی و خاصویی زری ندشت فارس
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.