بررسی و تحلیل خصوصیات بیوانفورماتیکی ژن کد کننده Yr10 مقاومت به زنگ زرد گندم (Puccinia striiformis f.sp. tritici)

  • سال انتشار: 1392
  • محل انتشار: اولین همایش سراسری کشاورزی و منابع طبیعی پایدار
  • کد COI اختصاصی: NACONF01_0468
  • زبان مقاله: فارسی
  • تعداد مشاهده: 469
دانلود فایل این مقاله

نویسندگان

سینا قنبری

دانشجوی کارشناسی ارشد دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری

غلامعلی رنجبر

دانشیار دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری

چکیده

تحقیق حاضر به منظور بررسی و تحلیل بیو انفورماتیکی در مورد مکان ژنی YR10 به ژن مقاومت به زنگ زرد گندم ( Puccinia striiformis f. sp. Tritici) می باشد.این ژن از نوع ژن های کد کننده پروتئین است. بررسی ترکیب نوکلئوتیدهای ژن Yr10نشان داد، که توالی این ژن حاوی 73/58% AT و 27/41% GC می باشد.با طراحی پرایمر مشخص گردید، که پرایمر هایی که برای PCR و qPCR لازم است، یکسان می باشند. بررسی توالی پروتئینی Yr10 نشان داد که این توالی از 824 آمینواسید تشکیل شده است که آمینو اسید 2/13 leu درصد از کل توالی را تشکیل می دهد و بیشتر از سایر آمینو اسیدها در طول توالی قرار دارد. وزن مولکولی و نقطه ایزوالکتریک پروتئین Yr10 به ترتیب 0/932190 و 7/24 می باشد، همچنین شاخص ناپایداری این پروتئین 39/97 بدست آمد، بنابراین در گروه پروتئین های پایدار قرار می گیرد. هضم توالی پروتئینی با استفاده از آنزیم تریپسین 104 برش ایجاد کرد. نتایج درون غشایی با استفاده از ابزار TMHMM نشان داد که آمینواسیدهای 350 -0 و 824 – 650 در ناحیه درون غشایی با استفاده از ابزارهای CD search در پایگاه NCBI دمین پروتئینی Yr10 یافت شد.

کلیدواژه ها

گندم،زنگ زرد،ژن Yr10 ،پایگاه داده NCBI

مقالات مرتبط جدید

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.