مدل سازی وبررسی برهمکنش آنزیم رامنوگالاکتورونیداز با سوبسترای مناسب: باکتری باکتروئیدس زیلانوسالونس، میکروبیوتای معده
- سال انتشار: 1403
- محل انتشار: مجله انفورماتیک در زیست شناسی، بهداشت و غذا، دوره: 1، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_IBHF-1-1_002
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 37
نویسندگان
گروه زیست شناسی، دانشگاه پیام نور، تهران، ایران
۱-دپارتمان بیوشیمی - بیوفیزیک ، دانشگاه تهران ۲- گروه پزشکی، دانشکده پزشکی، واحد مشهد، دانشگاه آزاد اسلامی، مشهد، ایران
عضو هیئت علمی با رتبه استادیار، گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، واحد مشهد، دانشگاه آزاد اسلامی، مشهد، ایران
چکیده
باکتری باکتروئیدس زیلانوسالونس که از میکروبیوتای روده محسوب می شود، سبب تجزیه دیواره سلولی سلول های گیاهی می شود و بدین ترتیب در هضم و جذب فیبرهای گیاهی توسط روده انسان بسیار موثر است. باکتری این عمل را با کمک آنزیم رامنوگالاکتورونیداز انجام می دهد که سبب هیدرولیز پیوندهای گلایکوزیدیک می شود. این آنزیم جز آنزیم های گلایکوزیل هیدرولاز می باشد که عمل تجزیه قندهای پیچیده مانند سلولز، همی سلولز و پکتین را برعهده دارد. این پروتئین دارای نقش آنزیمی به نام رامنوگالاکتورونیداز از باکتری باکتروئیدس زیلانوسولوس استخراج شده که گزارش های کمی در زمینه ی تعیین ساختار این آنزیم وجود دارد. در این پژوهش، مدل سازی آنزیم رامنوگالاکتورونیداز با استفاده از نرم افزار مدلر۱۷/۹ انجام شد که پس از انتخاب بهترین مدل، کمینه سازی انرژی و ارزیابی کیفی مدل با روشهای محاسباتی موجود انجام شد و در ادامه، جهت بررسی عملکرد آنزیم، میان کنش آن با سوبسترای مناسب (پکتین) با نرم افزارهای داکینگ مورد بررسی قرار گرفت. این بررسی سبب شناسایی اسیدآمینه های مهم در اتصال آنزیم به پکتین شد و نتایج نشان داد که مدل ارائه شده جهت بررسی میان کنش آنزیم - سوبسترا، مدل مطلوبی می باشد.کلیدواژه ها
میکروبیوتای روده, رامنوگالاکتورونیداز, پکتین, گلیکوزید هیدرولاز, شبیه سازی پویایی مولکولیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.