بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ های ریحان تیمار شده با تنش شوری با استفاده از نشانگر مولکولی SCoT و شناسایی نشانگرهای مرتبط با صفات از طریق رگرسیون

سال انتشار: 1404
محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 17، شماره: 1
کد COI اختصاصی: JR_JOAGK-17-1_004
زبان مقاله: فارسی
تعداد مشاهده: 61

نویسندگان

فارغ التحصیل کارشناسی ارشد، گروه بیوتکنولوژی، پژوهشگاه علوم و تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان، ایران.

امین باقی زاده

دانشیار، گروه بیوتکنولوژی، پژوهشگاه علوم و تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان، ایران.

مهدی رحیمی

چکیده

هدف: این تحقیق با هدف بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ های ریحان تیمار شده با تنش شوری با استفاده از نشانگر مولکولی SCoT و شناسایی نشانگرهای مرتبط با صفات از طریق رگرسیون انجام شد.مواد و روش ها: در این پژوهش از ده آغازگر SCoT برای بررسی تنوع ژنتیکی ۵ ژنوتیپ ریحان در شرایط تنش شوری در گلخانه دانشکده علوم محیطی دانشگاه تحصیلات تکمیلی و فناوری پیشرفته در سال ۱۴۰۲ به صورت آزمایش اسپلیت پلات بر پایه طرح کاملا تصادفی (عامل اصلی تنش شوری و عامل فرعی ژنوتیپ ریحان) انجام شد.نتایج: نتایج بررسی حاضر نشان داد از بین آن ها هشت آغازگر چندشکلی نشان دادند که در مجموع ۱۰۵ باند به دست آمد. از بین این باندها، ۱۰۳ باند چندشکل بودند که میانگین آن ۶۳/۱۲ نوار چندشکلی در هر آغازگر بود. پرایمر ScoT۱ با ۱۷ باند بیشترین تعداد باند را نشان داد، در حالی که آغازگر SCoT۲۸ با چهار باند کمترین تعداد باند چندشکل را داشت. درصد پلی مورفیسم مشاهده شده در ژنوتیپ های ریحان از ۷۱/۸۵% تا ۱۰۰% در پرایمرهای مختلف، با میانگین درصد پلی مورفیسم ۵۲/۹۶% متغیر بود. محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC) از ۳۵/۰ تا ۴۰/۰، با میانگین ۳۸/۰ متغیر بود. هتروزیگوسیتی مورد انتظار (EH) برای نشانگرهای SCoT از ۳۸/۰ تا ۴۵/۰ با میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار ۴۲/۰ بود. شاخص نشانگر (MI) در بین نشانگرهای SCoT متفاوت بود، پرایمر SCoT۱۱ بالاترین MI (۳۸/۰) و آغازگر SCoT۱۶ کمترین (۲۰/۰) را نشان داد. میانگین هتروزیگوسیتی (Havp) از ۰۳/۰ تا ۰۷/۰ برای نشانگرهای مورد مطالعه متغیر بود. پرایمرهای SCoT۲۸ و به دنبال آن SCoT۱۰ بالاترین میانگین هتروزیگوسیتی را داشتند که نشان دهنده کارایی بالای آنها در تشخیص پلی مورفیسم است. شاخص تنوع ژنی در بین آغازگرهای مورد مطالعه با میانگین ۴۲۶/۰ در جمعیت مورد مطالعه قرار داشت. پرایمرهای SCoT۱ و SCoT۱۰ به ترتیب بیشترین تنوع ژنتیکی را نشان دادند. میانگین ضریب شانون برای نشانگرهای SCoT برابر با ۶۱۴/۰ بود که نشان دهنده سطح متوسط تنوع در جمعیت های مورد بررسی است. پرایمرهای SCoT۱ و SCoT۱۰ به ترتیب بالاترین مقادیر شاخص شانون را داشتند که نشان می دهد این آغازگرها تنوع ژنتیکی بیشتری را در جمعیت به دست آورده اند. تعداد آلل های موثر بین ۶۵۲/۱ تا ۸۴۳/۱ با میانگین ۷۶۹/۱ در جمعیت مورد مطالعه متغیر بود. براساس نتایج خوشه بندی ژنوتیپ های سیاه و ابلق کمترین فاصله ژنتیکی را نشان دادند.نتیجه گیری: به طور کلی می توان بیان نمود که استفاده از مارکرهای مولکولی SCoT روش مناسبی در جهت بررسی تنوع ژنتیکی بین ارقام ریحان در شرایط تنش محیطی به خصوص تنش شوری است.

کلیدواژه ها

پلی مورفیسم, شاخص شانون, ریحان سیاه, ریحان ابلق, هتروزیگوسیتی

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.