همسانه سازی، بیان و بررسی بیوانفورماتیکی ژن سرین پروتئاز aprX استخراج شده از باکتری Bacillus licheniformis
- سال انتشار: 1400
- محل انتشار: فصلنامه زیست فناوری، دوره: 13، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_BIOT-13-1_005
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 131
نویسندگان
PhD student, Department of Biotechnology, Faculty of Agriculture and Natural Resources, Imam Khomeini International University
Associate Professor, Department of Biotechnology, Faculty of Agriculture and Natural Resources, Imam Khomeini International University
چکیده
هدف: پروتئازها از مهمترین آنزیمهای صنعتی محسوب میشوند. معمولا برای تولید این آنزیمها از باکتریهای جنس باسیلوس استفاده میشود. هدف از این پژوهش همسانهسازی، تعیین توالی، بیان و بررسی بیوانفورماتیکی ژن سرین پروتئاز aprX استخراج شده از باکتری باسیلوس لیکنیفورمیس بود. مواد و روشها: پس از استخراج DNA باکتریایی، ژن سرین پروتئاز با نام aprX از باکتری Bacillus licheniformis جداسازی و در ناقل pTG۱۹-T و سپس ناقل pET۲۸a(+) همسانهسازی شد و ساختار مولکولی، ویژگیهای بیوشیمیایی و فیلوژنتیکی آن مورد بررسی قرار گرفت و ساختار سه بعدی آنزیم همسانهسازی شده پیشبینی شد. جهت القای بیان ژن نوترکیب سرین پروتئاز از القاگر IPTG استفاده گردید و بیان پروتئین در غلظتهای مختلف IPTG، دماهای مختلف و زمانهای گوناگون مورد بررسی قرار گفت. تایید بیان ژن aprX توسط آنالیز SDS-PAGE و دات بلاتینگ انجام شد. در ادامه نیز فعالیت آنزیم پروتئاز نوترکیب در دما و pH های گوناگون مورد سنجش قرار گفت. یافتهها: درستی همسانهسازی به وسیله توالییابی تایید شد. بر اساس نتایج حاصل از بررسیهای فیلوژنتیکی، توالی پروتئینی به دست آمده شباهت زیادی را با توالیهای سایر باسیلوسها نشان داد. پس از ارزیابی مدلها مشخص گردید که مدلهای ارائه شده توسط نرمافزارهای RAPTORX و I-TASSER مدلهای مطلوبی برای پیشبینی ساختار سه بعدی این پروتئاز هستند. تولید پروتئین نوترکیب با القاء IPTG به میزبان حاوی پلاسمید pET۲۸a-aprX با موفقیت انجام شد. بیشترین مقادیر بیان پروتئین نوترکیب در دمای ۲۵ درجه و طی زمان ۲۰ ساعت و با IPTG ۵/۰ میلیمولار بهدست آمد.کلیدواژه ها
Expression optimization, Recombinant protein expression, Sequencing, Dot blotting, Protein modeling, Molecular cloning, بهینه سازی بیان, بیان پروتئین نوترکیب, توالی یابی, دات بلاتینگ, مدل سازی پروتئین, همسانه سازی مولکولیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.