چارچوب PRAF برای هم ترازی سراسری دو شبکه برهم کنش پروتئین- پروتئین

سال انتشار: 1398
محل انتشار: فصلنامه زیست فناوری، دوره: 10، شماره: 2
کد COI اختصاصی: JR_BIOT-10-2_019
زبان مقاله: فارسی
تعداد مشاهده: 87

نویسندگان

Computer Science Department, Mathematics & Computer Science Faculty, Amirkabir University, Tehran, Iran

چکیده

به مجموعه ای از ماکرومولکول ها که در سلول با یکدیگر دارای تعامل هستند و عمل زیستی خاصی را انجام می دهند، شبکه زیستی گفته می شود. ناهنجاری تنها در یک مولکول اتفاق نمی افتد بلکه شبکه زیستی مربوط به آن را نیز درگیر می کند. برای شناسایی صحیح و جامع عوامل درگیر در یک بیماری باید از مقایسه بین شبکه های زیستی استفاده نمود. در این راستا، مسایل هم ترازی محلی و سراسری شبکه های برهم کنش پروتئین- پروتئین تعریف شد. با توجه به NP- کامل بودن مساله هم ترازی سراسری، الگوریتم های غیرقطعی مختلفی برای حل این مساله ارایه شده است. الگوریتم NetAl در این سال های اخیر به عنوان یک روش کارآمد برای حل این مساله شناخته شده است. گرچه این الگوریتم توانایی هم ترازی دو شبکه را با سرعت مناسبی دارد ولی ویژگی های زیستی را برای این منظور در نظر نمی گیرد. در این کار قصد داریم یک چارچوب جدید برای مساله هم ترازی سراسری شبکه های پروتئین- پروتئین به نام PRAF ارایه دهیم که با استفاده از این الگوریتم، نرم افزار BINGO و مفهوم هستی شناسی ژن، موجب بهبود نتایج الگوریتم NetAl شود.

کلیدواژه ها

Bioinformatics, Protein-protein interaction networks, Alignment, Gene ontology, Clustering, بیوانفورماتیک, شبکه بر هم کنش پروتئین- پروتئین, هم ترازی, هستی شناسی ژن, خوشه بندی

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.