DeepSiPPI: Enhancing Protein-Protein Interaction Prediction through Siamese Neural Networks and Sequence-to-Image Transformation

سال انتشار: 1402
محل انتشار: دوازدهمین همایش ملی و سومین همایش بین المللی بیوانفورماتیک
کد COI اختصاصی: IBIS12_195
زبان مقاله: انگلیسی
تعداد مشاهده: 101

نویسندگان

Department of Computer Science,University of Science and Technology of Mazandaran, Behshahr, Iran

چکیده

This study focuses on the analysis and prediction of Protein-Protein Interactions (PPI) withinbiological systems. We propose an innovative methodology employing a Siamese Neural Networkarchitecture with a Convolutional Neural Network (CNN) as its underlying framework. Notably, weintroduce a novel preprocessing step involving the conversion of protein sequences into images throughthe application of a robust statistical method. Subsequently, these transformed representations areutilized as input data for the Siamese Neural Network, a choice motivated by its intrinsic capacity foreffective feature extraction. The discerning ability of the Siamese Neural Network proves instrumentalin discerning subtle patterns and features crucial for the identification of protein interactions. Thepresented approach not only showcases its utility in refining interaction predictions but also underscoresthe potential for advancing the comprehension of intricate protein networks, thereby contributing to thebroader landscape of bioinformatics research .

کلیدواژه ها

Protein-Protein Interaction; Siamese Neural Network; Protein Representation; Sequenceto-Image Transformation; Bioinformatics

مقالات مرتبط جدید

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.