IDENTIFICATION OF CANDIDATE TREATMENT TARGETS IN ESOPHAGEAL CANCER: A COMPREHENSIVE BIOINFORMATIC ANALYSIS
- سال انتشار: 1402
- محل انتشار: دوازدهمین همایش ملی و سومین همایش بین المللی بیوانفورماتیک
- کد COI اختصاصی: IBIS12_188
- زبان مقاله: انگلیسی
- تعداد مشاهده: 127
نویسندگان
Shiraz University of Medical Sciences, Shiraz, Iran- Pharmaceutical Sciences Research Center, Shiraz University of Medical Science, Shiraz, Iran
Shiraz University of Medical Sciences, Shiraz, Iran- Pharmaceutical Sciences Research Center, Shiraz University of Medical Science, Shiraz, Iran
Shiraz University of Medical Sciences, Shiraz, Iran- Pharmaceutical Sciences Research Center, Shiraz University of Medical Science, Shiraz, Iran
چکیده
Esophageal cancer, is among the leading causes of cancer-related mortality [۱]. Despiterecent progress in early diagnosis and more effective treatment options, patients have variable prognosis[۲]. We conducted a comprehensive bioinformatic approach to identify novel therapeutic and prognostictargets.The gene expression omnibus (GEO) database was used to compare transcriptomic profiles ofesophageal tumor and normal tissue and identify differentially expressed genes (DEG)s. The DEGswere used to construct an interaction network using the STRING. We limited the number of our genesusing centrality parameters such as degree, closeness, and betweenness. Next, pathway enrichmentanalysis was conducted. Hub genes of the network were selected based on the effect of genes on overallsurvival (OS) in the cancer genome atlas database (TCGA) and their effect on clinical staging of thedisease was interrogated. Finally immunohistochemical (IHC) staining of hub proteins in esophagustumors compared to the normal tissue was examined using Human Protein Atlas and mutational profileof the hub genes was investigated in the Gene cBioPortal database.We identified IDO۱, COL۴A۱, and ATF۳ as the main hub genes. Four modules were identified in thenetwork that showed the most correlation with Cytokine-cytokine receptor interaction, proteindigestion, ECM-receptor interaction, relaxin signaling pathway and Epithelial cell signaling inHelicobacter pylori infection pathways in enrichment analysis. Surveying Drug Bank database for hubgenes as target genes recommended Cannabidiol as a drug candidate with an inhibitory effect onoverexpression of IDO۱ in tumor tissues.Using a multi-aspect systems biology approach, we identified genes with the main regulatory role andsurvival impact on esophageal cancer. Targeting these genes with currently available or novel syntheticagents can be of potential survival advantage.کلیدواژه ها
Esophageal Cancer, Systems Biology, Hub Gene, Drug Targetمقالات مرتبط جدید
- تحلیل چالشها و راهکارهای تقویت ارتباط دانشگاه و صنعت: با تمرکز بر حلقههای مفقوده
- بازخوانی نقش دانشگاه و صنعت در توسعه ملی: از موانع تا راهکارها
- نشانگر تشخیصی جدید در ژن C-myc به عنوان کیت غیر تهاجمی تشخیص سرطان دهان
- برنامه ریزی منابع تجدید پذیر با درنظر گرفتن برنامه ریزی توسعه انتقال و تولید منابع توان راکتیو
- برنامه ریزی همزمان توسعه انتقال و منابع تولید توان راکتیو با استفاده از یک الگوریتم تکاملی بهبود یافته
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.