Breast cancer early detection biomarkers identified from ductal carcinoma in-situ patients: a bioinformatics approach
- سال انتشار: 1402
- محل انتشار: دوازدهمین همایش ملی و سومین همایش بین المللی بیوانفورماتیک
- کد COI اختصاصی: IBIS12_166
- زبان مقاله: انگلیسی
- تعداد مشاهده: 105
نویسندگان
Faculty of Pharmacy, Urmia University of Medical Sciences, Urmia, Iran
Department of Medicinal Chemistry, Faculty of Pharmacy, Tabriz University of Medical Sciences, Tabriz, Iran
Department of Animal Sience, Faculty of Agriculture, Tabriz University of Medical Sciences, Tabriz, Iran
Research Center for Pharmaceutical Nanotechnology, Biomedicine Institute, Tabriz University of Medical Sciences, Tabriz, Iran
Research Center for Pharmaceutical Nanotechnology, Biomedicine Institute, Tabriz University of Medical Sciences, Tabriz, Iran
چکیده
The Breast Cancer is the most prevalent cancer in the world [۱]. According to WHO (WorldHealth Organization), there were more than ۲ million women diagnosed with breast cancer and morethan ۶۰۰,۰۰۰ recorded deaths all around the world in ۲۰۲۰. Common diagnosis approaches for breastcancer like mammography have some limitations such as low sensitivity and specificity, high cost andtime-consuming procedures so new and better diagnostic methods are presented [۲, ۳]. The EventsResponsible for Transmission of normal breast tissue into cancer phase are poorly known. In this study,we aim to discover the pathways initiating breast cancer that can modify diagnosis and treatmentmethods . Four datasets (PRJNA۴۸۴۵۴۶, PRJNA۶۰۲۵۱۲, PRJNA۸۵۵۳۲۴ and PRJNA۹۵۰۳۹۲) wereselected from the NCBI SRA database. These datasets included ductal carcinoma in-situ and normalbreast samples. In order to ensure of the quality of these samples, a test was performed using FastQC.Using Trimmomatic software, appropriate changes were made on the samples to increase quality. Afterperforming Various analysis, we used UMAP Plot (Uniform manifold approximation and projection) toclassify the genes with different alterations of gene expression in order to identify the pathways relatedto breast cancer. Bioinformatic analysis on ۳۴ samples selected from ۴ datasets, showed that thepresence of conserved mutations in genes including PIK۳CA, TP۵۳ and CDH۱ in matched samples ofboth DCIS and normal tissue suggest a fitness benefit of these mutations. Studies of matchedsynchronous cases have also shown DCIS-specific mutations in selected cases. Discovering thepathways initiating breast cancer is a key goal that can modify diagnosis and treatment methods.کلیدواژه ها
breast cancer; diagnosis; RNA-sequencingمقالات مرتبط جدید
- تحلیل ژنومی و تنوع ژننتیکی ژن های مسئول صفات مقاومت به تنش خشکی در گیاهان زراعی بومی ایران با استفاده از تکنیک های تکنیک های نسل جدید توالی یابی ( NGS)
- بررسی نقش miRNA های خاص در تنظیم بیان ژن های درگیر در مقاومت به دارو در سرطان های مقاوم به شیمی درمانی
- یک رویکرد سطح سختافزاری برای کاهش تداخل ردیف حافظه؛ چیدمان داده ها و شتابدهنده های CNN با تاکید بر FPGA
- اثرات زیست محیطی استفاده از پوزوالنهای صنعتی در بتن
- تاثیر دیجیتالی شدنبر عملکرد شرکت: بررسی نقش فرهنگ دیجیتال و تاثیر قابلیت زنجیره تامین (مورد مطالعه: شرکت های تولیدی شهر صنعتی رشت)
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.