Isolation and computational investigation of class ۳ L- asparaginase form a native Glutamicibacter. SP.
- سال انتشار: 1402
- محل انتشار: دوازدهمین همایش ملی و سومین همایش بین المللی بیوانفورماتیک
- کد COI اختصاصی: IBIS12_096
- زبان مقاله: انگلیسی
- تعداد مشاهده: 86
نویسندگان
Faculty of Life Sciences and Biotechnology, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran
Faculty of Life Sciences and Biotechnology, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran
Faculty of Life Sciences and Biotechnology, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran
Faculty of Life Sciences and Biotechnology, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran
چکیده
L- asparaginases are important therapeutic drugs. Type II asparaginases are still used to treatchildhood leukemia. Although these enzymes have been successfully used in treatment, they areassociated with many side effects [۱], so much research directed to find alternative enzymes. The soilsamples were collected from agricultural fields near Saveh, Markazi province. After screening onphenol red agar, the best isolate identified by molecular and biochemical methods as Glutamicibactersp. The specific primers that cover the full length of the asparaginase gene were designed based oncomplete genomes of the nearest type strains. After amplification and sequencing, the translated aminoacid sequence aligned with ۲۸ full-length sequences of type I and II from class ۱ and class ۳ Lasparaginasesthrough the MAFFT algorithm and curated by the BMGE method on the online serverNGPhylogeny (http://www.NGPhylogeny.fr). The phylogenetic tree was created using the maximumlikelihood method based on the Le Gascuel model by Mega-۷ software [۲]. The phylogenetic tree showsthe clustering of new isolate L-asparaginase with newly found Rhizobium etli class ۳ asparaginases oftype IV and V. Bootstrap values ensure that their relationship is strong. The three-dimensional structureof the enzyme was predicted by the ColabFold v۱.۵.۵ server [۳]. The structure of asparagin wasconstructed by ChemDraw v.۱۷.۳ and optimized using MM۲ calculation available in ChemBio۳D ۱۷.۳[۴]. Autodock Vina via the Chimera platform was used for docking. The binding energy for the mostfavorable structure based on docking score are -۴.۶, -۴.۴, and -۴.۴ Kcal/mol for new asparaginase,ReAV, and ReAIV, respectively. The new isolated L- asparaginase from Glutamicicbacter seems apromising target for new drug development. However, future in-vivo and in-vitro studies are essentialto illustrate more about this target.کلیدواژه ها
L-asparaginase; Acute lymphoblastic leukemia; Phylogenetic analysis; MolecularDockingمقالات مرتبط جدید
- تحلیل چالشها و راهکارهای تقویت ارتباط دانشگاه و صنعت: با تمرکز بر حلقههای مفقوده
- بازخوانی نقش دانشگاه و صنعت در توسعه ملی: از موانع تا راهکارها
- نشانگر تشخیصی جدید در ژن C-myc به عنوان کیت غیر تهاجمی تشخیص سرطان دهان
- برنامه ریزی منابع تجدید پذیر با درنظر گرفتن برنامه ریزی توسعه انتقال و تولید منابع توان راکتیو
- برنامه ریزی همزمان توسعه انتقال و منابع تولید توان راکتیو با استفاده از یک الگوریتم تکاملی بهبود یافته
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.