Bioinformatics Analysis of Microarray Data to Identify Hub Genes as Novel Biomarkers for Colorectal Cancer
- سال انتشار: 1402
- محل انتشار: دوازدهمین همایش ملی و سومین همایش بین المللی بیوانفورماتیک
- کد COI اختصاصی: IBIS12_057
- زبان مقاله: انگلیسی
- تعداد مشاهده: 127
نویسندگان
Department of Medical Genetics, Faculty of Medicine, Tabriz University of Medical Sciences, Tabriz, Iran
Department of Medical Genetics, Faculty of Medicine, Tabriz University of Medical Sciences, Tabriz, Iran
Department of Medical Genetics, Faculty of Medicine, Tabriz University of Medical Sciences, Tabriz, Iran
Department of Medical Genetics, Faculty of Medicine, Tabriz University of Medical Sciences, Tabriz, Iran
Research Center for Pharmaceutical Nanotechnology, Biomedicine Institute, Tabriz University of Medical Sciences, Tabriz, Iran
Department of Medical Genetics, Faculty of Medicine, Tabriz University of Medical Sciences, Tabriz, Iran
چکیده
Colorectal cancer (CRC) is the third most common cancer and the second cause of cancerrelateddeath worldwide [۱,۲]. As early detection is associated with lower mortality, novel biomarkersare urgently needed for timely diagnosis. This study aimed to identify hub genes as CRC biomarkersby analyzing differentially expressed genes (DEGs).Methods: The GSE۱۱۳۵۱۳ dataset was obtained from the GEO database, consisting of ۱۴ pairs of CRCprimary lesions and non-cancerous surrounding tissue. Principal Component Analysis (PCA) assessedthe sample consistency. LIMMA package was used for statistical analysis. DEGs were identified using|𝑙𝑜𝑔۲𝐹𝐶|> ۳ and adj P-value < ۰.۰۵. Gene expression and survival outcomes correlation weredetermined by the Kaplan-Meier plotter.Results: The expression profiles of ۲۸ samples were evaluated using microarray analysis. There were۱۱۰ DEGs found in all, with ۹۳ being down-regulated and ۱۷ being up-regulated. Among these DEGs,two genes, MMP۷ and CDH۳, have been previously linked to various cancers such as breast, lung,pancreatic, etc. In this dataset, these genes exhibited a significant increase in their expression. As perthe information available in GeneCards, WikiPathways, and Reactome pathway databases, these genesregulate crucial pathways, including the Wnt signaling pathway, pluripotency, cell-cell communication,and ILK signaling. The DEGs identified in this study were found to be correlated with poor prognosisin colorectal cancer based on the Kaplan-Meier plots.Conclusion: The findings of our investigation indicate that the genes MMP۷ and CDH۳ have significantcontributions to colorectal cancer (CRC) and are connected to a poor prognosis in CRC.کلیدواژه ها
Colorectal Cancer; Biomarker; Microarrayمقالات مرتبط جدید
- تحلیل ژنومی و تنوع ژننتیکی ژن های مسئول صفات مقاومت به تنش خشکی در گیاهان زراعی بومی ایران با استفاده از تکنیک های تکنیک های نسل جدید توالی یابی ( NGS)
- بررسی نقش miRNA های خاص در تنظیم بیان ژن های درگیر در مقاومت به دارو در سرطان های مقاوم به شیمی درمانی
- یک رویکرد سطح سختافزاری برای کاهش تداخل ردیف حافظه؛ چیدمان داده ها و شتابدهنده های CNN با تاکید بر FPGA
- اثرات زیست محیطی استفاده از پوزوالنهای صنعتی در بتن
- تاثیر دیجیتالی شدنبر عملکرد شرکت: بررسی نقش فرهنگ دیجیتال و تاثیر قابلیت زنجیره تامین (مورد مطالعه: شرکت های تولیدی شهر صنعتی رشت)
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.