شناسایی ریز RNAها و ژن های هدف مرتبط در گیاه دارویی مرزه خوزستانی
- سال انتشار: 1400
- محل انتشار: مجله علمی تحقیقات ژنتیک و اصلاح گیاهان مرتعی و جنگلی ایران، دوره: 29، شماره: 2
- کد COI اختصاصی: JR_IJRFP-29-2_002
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 94
نویسندگان
PhD graduated, Department of Production Engineering and Plant Genetics, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran.
Corresponding author, Prof., Department of Production Engineering and Plant Genetics, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran
Prof., Department of Production Engineering and Plant Genetics, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran.
Assist. Prof., Department of Horticultural Sciences, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran
چکیده
میرناها (microRNAها)، دسته ای از مولکول های تنظیمکننده کوچک و غیر کدکننده هستند که بیان ژن را از طریق تخریب رونویسی یا سرکوب ترجمه تنظیم می کنند. میرناها، در تنظیم گستره وسیعی از فرایندهای متابولیکی و فیزیولوژیکی در گیاهان مشارکت دارند. خانواده نعناع بهویژه مرزه خوزستانی، گیاهان شناخته شده ای از نظر طعم، عطر و خواص دارویی هستند. تاکنون هیچگونه گزارشی از شناسایی میرنا برای گیاه دارویی مرزه خوزستانی (Jamzad khuzistanica Satureja) ثبت نشده است. ازاین رو، در این مطالعه برای پیشبینی میرنا و ژنهای هدفشان در مرزه خوزستانی، از رویکرد محاسباتی مبتنی بر جستجوی همسانی استفاده شد. یونیژن های غیر کدکننده به عنوان توالی های کاندید پیش ساز میرنا در نظر گرفته شدند. در نهایت پس از ارزیابی پارامترهای عمومی درصد باز GC، حداقل انرژی آزاد تاخوردگی (MFE)، شاخص حداقل انرژی آزاد تاخوردگی (MFEI) و ساختار ثانویه ۵۸ میرنا شناسایی شد که از بین آنها با اعمال معیارهای شناسایی اختصاصی گیاهان و پالایش میرناهای پیشبینی شده از چند رونوشت، در نهایت ۱۰ میرنا شناسایی شد. سپس ۹۳۰ رونوشت هدف با استفاده از وبسایت psRNATarget برای آنها پیشبینی و با استفاده از ابزار BLASTx نرم افزار (v۲.۶.۰) Blast+ NCBI تفسیر کارکردی شد. بررسی ژنهای هدف نشان داد که ژنهای پاسخ دهنده اکسین، ژنهای GRAS ((Gibberlic-acid insensitive (GAI), Rspressor of GAI (RGA) and Scarerow (SCR))، ژن AGO۲ ( ۲ Argonaute) و ژنهای خانواده LAC (Laccase) از اهداف عمده میرناهای شناسایی شده در مرزه خوزستانی هستند. تجزیه وتحلیل غنیسازی مسیر در ژن های هدف نشان داد که مسیر بیوسنتز متابولیتهای ثانویه بهطور معنی داری جزء اهداف میرناهای شناسایی شده هستند. این مطالعه، اولین گزارش از شناسایی میرنا در مرزه خوزستانی بوده که نقش آنها را در تنظیم ژنهای هدف توصیف می کند.کلیدواژه ها
Computational analysis, Satureja khuzistanica, MicroRNA, Non-codingاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.