تجزیه و تحلیل پروتئوم پیازچه درگونه های Allium stipitatum و A. scabriscapum ایرانی برای شناسایی پروتئین های با بیان متفاوت
- سال انتشار: 1400
- محل انتشار: مجله علمی تحقیقات ژنتیک و اصلاح گیاهان مرتعی و جنگلی ایران، دوره: 29، شماره: 2
- کد COI اختصاصی: JR_IJRFP-29-2_005
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 105
نویسندگان
PhD student Agricultural Biotechnology , Dept. Production Engineering and Plant Genetics, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, IRAN
Corresponding Author, Prof. Department of Production Engineering and Plant Genetics, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran
Prof, Dept of Agronomy and Plant Breeding, College of Agriculture and Natural Resources University of Tehran, Karaj, I.R. Iran
Prof , Dept. Production Engineering and Plant Genetics, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, IRAN
چکیده
جنس Allium شامل بیش از ۹۲۰ گونه در سراسر جهان است. ایران زیستگاه اصلی بسیاری از گونه های وحشی Allium میباشد. در این مطالعه از بافت پیازچه دو گونه A. stipitatum و A. scabriscapum از دو زیرجنسMelanocrommyum و Reticulatobulbosa با هدف ارزیابی و شناسایی الگوی بیانی پروتئینهای ذخیرهای حاصل از روش SDS-PAGE استفاده شد. برای شناسایی لکه های پروتئینی و مشاهده تغییرات بیانی دو گونه از الکتروفورز ژل دوبعدی و طیف سنجی جرمیMALDI TOF/TOF MS استفاده گردید. آنالیز ژل های حاصل از الکتروفورز دوبعدی منجر به شناسایی ۱۳۸ لکه پروتئینی شد. نتایج حاصل بیانگر شباهت اندک میان ژلها و الگوی بیانی متفاوت در بین نمونه ها بود که بر این اساس تعداد کمی لکه مشابه در هر دو ژل حاصل شد. نتایج نشان داد در پروفایل بیانی پروتئین های بافت پیازچه این نمونهها تفاوتهای معنی داری وجود داشت که با استفاده از آزمون T تعداد ۹ لکه پروتئینی دارای بیشترین تغییرات معنیدار در سطح احتمال ۵% شناسایی شدند و از بین آنها ۳ لکه متفاوت با استفاده از روش طیف سنجی جرمی برای شناسایی انتخاب شد. نتایج آزمایش طیف سنجی جرمی و تطبیق داده های حاصل با پایگاه دادههای NCBI و Uniprot و ابزارهای بیوانفورماتیکی مشخص کرد که لکه های مورد آزمایش با پروتئین های Maturase k، Agmatine coumaroyltransferase-۱ و یک پروتئین با عملکرد نامشخص بنام Hypothetical Protein مطابقت داشت. یافته های این مطالعه نشان داد با توجه به اینکه نمونه های متعلق به دو گونه A.stipitatum و A. scabriscapum از یک جنس هستند اما الگوی بیانی پروتئینهای ذخیرهای آنها در بافت پیازچه بسیار متفاوت از یکدیگر است.کلیدواژه ها
Allium, Mass spectrometry analysis, Gene expression, Bioinformaticsاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.