شناسایی miRNAهای حفاظت شده گل راعی (Hypericum perforatum) با استفاده از داده های توالی یابی نسل جدید
- سال انتشار: 1401
- محل انتشار: مجله علمی تحقیقات ژنتیک و اصلاح گیاهان مرتعی و جنگلی ایران، دوره: 30، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_IJRFP-30-1_005
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 88
نویسندگان
Ph.D. graduated, Department of Department of Plant Production and Genetic Engineering, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran.
Prof., Department of Plant Production and Genetic Engineering, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran.
Ph.D. graduated, Agricultural Biotechnology Research Institute of Iran - Isfahan Branch, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Isfahan, I.R. Iran.
Prof., Department of Plant Production and Genetic Engineering, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran,.
چکیده
ژن های miRNAs دسته مهمی از تنظیم کننده های بیان ژنی میباشند که نسبت به تنش های محیطی، پاسخ های متنوعی دارند و نقش کلیدی در تنظیم بیان ژن ها در مراحل پس از رونویسی ایفا میکنند. گل راعیperforatum) Hypericum) بیشترین کاربرد را در درمان افسردگی به دلیل تاثیر هایپرسین و هایپرفورین دارد. پژوهش حاضر به منظور شناسایی miRNAهای حفاظت شده و ژن های هدف آن ها در محتوی رونوشت (Transcriptome) گل راعی صورت گرفت. ابتدا نمونه های حاصل از توالی یابی RNA گل راعی از بانک اطلاعاتیEMBL-EBI (ENA) دریافت شدند، سپس ترنسکریپتوم این گیاه سرهم بندی گردید و رونوشت های غیر کدکننده به پروتئین شناسایی و به عنوان توالی های کاندید پیش ساز miRNA در نظر گرفته شدند. در نهایت از بین توالی های کاندید با استفاده از نرم افزار C-mii شش miRNA با نام های Hp-miR۳۹۵، Hp-miR۸۴۵d، Hp-miR۴۱۴، miR۱۵۹ Hp-،Hp-miR۱۵۹e و Hp-miR۱۵۶c پس از اعمال فیلترهای سخت گیرانه شناسایی شدند. بررسی شبکه برهم کنش پروتئین-پروتئین ارتباط ژن های هدف با پروتئین های هدف به ویژه عوامل رونویسی را مشخص کرد. در مرحله بعد جهت تایید ژن های هدف برای miRNAهای شناسایی شده محلول پاشی با غلظت های صفر (شاهد) و ۲۰۰ میکرو مولار متیل جاسمونات بر روی گل راعی انجام شد و الگو ی تغییرات بیان دو ژن هدف بررسی گردید. در بررسی تغییرات میزان بیانqRT-PCR در زمانهای ۱۲، ۲۴، ۴۸ و ۷۲ ساعت پس از اعمال تیمار متیل جاسمونات، افزایش سطح بیان نسبی برای رونوشت های (DN۱۲۱۵۲۳_c۱_g۴_i۲) Hyp-۱ و HD-Zip (DN۱۲۱۰۰۳_c۰_g۱_i۱) پس از ۷۲ ساعت از کاربرد با متیل جاسمونات مشاهده شد. در مجموع با توجه به نقش تنظیمی miRNAهای شناسایی شده در مطالعه ی حاضر، می توان از این ژن ها در شناسایی بهتر و دقیق تر مسیر بیوسنتزی هایپرسین و هایپرفورین استفاده کرد.کلیدواژه ها
Hypericum perforatum, In-silico identification, methyl jasmonate, qRT-PCR, Transcriptome-wide analysisاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.