ردیابی و تجزیه و تحلیل ژنوم کامل ویروس بدشکلی برگ انگور (Grapevine deformation virus) از تاکستان های استان خراسان رضوی

نپوویروس ها عامل زوال عفونی مو در سراسر دنیا هستند. ویروس بدشکلی برگ انگور (Grapevine deformation virus-GDefV) با نام جدید Nepovirus deformationis به زیرگروه A جنس نپوویروس تعلق دارد. علائم GDefV به صورت بدشکلی برگ انگور، کوتولگی و زوال درختچه است. GDefV در اغلب موارد در آلودگی مخلوط با ویروس برگ بادبزنی مو مشاهده می­شود. برای شناسایی و تعیین توالی ژنوم کامل GDefV سه نمونه انگور با علائم رشد کپه­ای و زوال در بهار سال ۱۳۹۸ از شهرستان کاشمر در استان خراسان رضوی در شمال شرق ایران جمع آوری شدند. پس از استخراج RNA از دمبرگ برگ های جوان مو، شناسایی اولیه GDefV در واکنش زنجیره ای پلیمراز انجام شد. سپس کتابخانه هایی از RNA های کوچک از سه تاک مورد بررسی تهیه و در پلت فرم ایلومینا تعیین توالی شدند. پس از پالایش خوانش ها، ۱۵ میلیون خوانش باکیفیت مناسب برای آنالیزهای پایین دست باقی ماندند. که از آن­ها، ژنوم سه جدایه ایرانی GDefV به طول ۷۳۸۶ و ۳۷۵۳ نوکلئوتید بازسازی شد. مقایسه ترادف این جدایه­ها با توالی های GDefV موجود در GenBank بیانگر شباهت ۳/۹۴-۶/۸۷ درصدی در سطح نوکلئوتیدی و ۵/۹۰-۸/۸۸ درصد در سطح آمینواسیدی بود. در درخت های فیلوژنتیک ترسیم شده، جدایه های شمال شرق ایران در شاخه ای مجزا از سایر جدایه های GDefV قرار گرفتند. مقاله حاضر اولین گزارش از تحلیل ژنوم و تبارزایی جدایه های GDefV از تاکستان های ایران را ارائه می دهد.

کلیدواژه ها:

ژنوم کامل ، فیلوژنی ، ویروس بدشکلی برگ انگور ، RNAهای کوچک ، Nepovirus