آنالیز مدلهای مختلف بیز BAYZ در مطالعات ژنومیکس
- سال انتشار: 1391
- محل انتشار: سومین همایش ملی بیوتکنولوژی کشاورزی ایران (گیاهی، دامی و صنعتی)
- کد COI اختصاصی: AGRIBIOTECH03_396
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 1130
نویسندگان
استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل
استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل
چکیده
جهت مقایسه روش های مختلف مکان یابی QTL یک مجموعه داده های ژنوتیپی و فنوتیپی شبیه سازی گردید. در مدل های بیز BAYZ می توان علاوه بر این که از تمام اطلاعات نشانگر ها استفاده نمود، ترکیبی از توزیعات مختلف برای اثرات نشانگرهای SNP در نظر گرفت. در مدل های فوق فرض می گردد که اکثر نشانگرها دارای اثرات کوچک (در مطالعه حاضر 98 درصد) و تنها تعداد محدودی از نشانگر ها ( 2درصد) دارای اثرات بزرگ هستند. جمعیت شبیه سازی شده شامل یک جمعیت پایه 1020 راس دام غیر خویشاوند است که برای ایجاد عدم تعادل پیوستگی در بین جایگاه QTL با نشانگرها 4 نسل تلافی تصادفی ادامه پیدا کرد. در تمام نسل ها 20 راس دام نر با 1000 راس گاو ماده آمیزش داده شده است و هر فرد فقط یک نتاج تولید نموده است. کل شجره شامل 4100 راس دام است. تعداد 10000 SNP بر روی 5 کروموزوم در فواصل مساوی cM 0/05 در کل جمعیت تعیین ژنوتیپ شدند. طول هر کروموزوم 100 سانتی مورگان در نظر گرفته شد. صفت شبیه سازی شده مربوط به عملکرد تولید شیر است. نتاج حاصل از نسل اول تا سوم دارای رکورد و جمعیت پایه و افراد نسل چهارم بدون رکورد هستند، لذا از کل جمعیت 4100 راسی، 3000 تا دارای رکورد هستند. از دو مدل مختلف Bayz A و Bayz B برای آنالیز عدم پیوستگی QTL با نشانگرهای SNP استفاده گردید. آنالیز با نرم افزار BAYZ انجام گرفت. SNP های با اثرات بالاتر از 0/6 یا فاکتور بیز BF بالاتر از 5/5 به عنوان QTL گزارش گردید. نتایج آنالیز دو مدل بیز A و بیز B به ترتیب 7 و 9 مکان QTL بر روی 5 کروموزوم است. موقعیت QTL های شناسایی شده با روش بیز B منطبق بر مکان شبیه سازی شده قرار دارند، هر چند یک False positive بر روی کروموزوم 4 نشان می دهد. مکان های QTL شناسایی شده با روش بیز Aهر چند نزدیک مکان های شبیه سازی شده قرار دارند، اما با تعداد زیادی نقاط False positive همراه است.کلیدواژه ها
آنالیز بیز، مکان یابی QTL فاکتور بیز، مطالعات ژنومیکسمقالات مرتبط جدید
- نقش هوش مصنوعی در توسعه پایدار منابع آب
- نشانگرهای مولکولی مشترک در شناسایی مقاومت به بیماریهای مهم گندم
- مقایسه میدانی حشره کش آبامکتین و ترکیبات معدنی در کنترل پروانه برگخوار مرکبات
- مقایسه برخی ویژگیهای خاک در باغات سیب با سنین مختلف در استان آذربایجان غربی
- تحلیل فضایی و زمانی غلظت ذرات معلق PM۲.۵ در شهر اصفهان
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.