مقایسه مدلهای مختلط خطی تک نشانگری MMA و هاپلوتیپ تصادفی RHM در مکان یابی QTL
- سال انتشار: 1391
- محل انتشار: سومین همایش ملی بیوتکنولوژی کشاورزی ایران (گیاهی، دامی و صنعتی)
- کد COI اختصاصی: AGRIBIOTECH03_395
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 896
نویسندگان
استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل
استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل
استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل
چکیده
علی رغم پیشرفت های چشمگیر در مطالعات ژنومیکس GWAS هنوز هم چالش های زیادی در تعیین بهترین مدل و روش آماری وجود دارد. به ویژه در جمعیت هایی که ارتباطات مختلف خویشاوندی در بین حیوانات وجود دارد، مشهود تر است. تا به حال روش های مختلفی در مطالعات GWAS پیشنهاد گردیده است که در مطالعه فوق به ارزیابی مدل های مختلط خطی با استفاده از هاپلوتیپ تصادفی و تک- نشانگری با داده های شبیه سازی شده می پردازیم. جمعیت شبیه سازی شده شامل یک جمعیت پایه 1020 راس دام غیر خویشاوند است که برای ایجاد عدم تعادل پیوستگی در بین جایگاه QTL با نشانگرها 4 نسل تلافی تصادفی ادامه پیدا کرد. کل شجره شامل 4100 راس دام است. تعداد 10000 SNP بر روی 5 کروموزوم در فواصل مساوی cM 0/05 تعیین ژنوتیپ شدند. طول هر کروموزوم 100 سانتی مورگان در نظر گرفته شد. صفت شبیه سازی شده مربوط به عملکرد تولید شیر است. نتاج حاصل از نسل اول تا سوم دارای رکورد هستند، از دو مدل مختلط خطی تک نشانگری و هاپلوتیپ تصادفی برای آنالیز داده های ژتوتیپی و فنوتیپی استفاده شد. در تمام مدل ها داده های فنوتیپی برای اثرات ثابت جنس و نسل تصحیح گردیدند و اثر پلی ژنیک حیوان به عنوان عامل تصادفی علاوه بر اثر SNP اضافه گردید. نسبت درستنمایی دو مدل با اثر QTL و بدون اثر QTL در نقاطی که دارای بالاترین پیک است به عنوان مکان QTL در نظر گرفته شد. نتایج نشان داد که استفاده از مدل مختلط با هاپلوتیپ تصادفی مفیدتر از مدل مختلط تک نشانگری هستند، چون می توان از حداکثر ظرفیت عدم تعادل پیوستگی در آنالیز ها استفاده نمود. مدل هاپلوتیپی توانست تمام QTL های شبیه سازی شده را شناسایی نماید. تعداد مکان False positive مدل هاپلوتیپی بیشتر از مدل تک نشانگری بود.کلیدواژه ها
هاپلوتیپ تصادفی، مدل های مختلط ، QTL ، ژنومیکسمقالات مرتبط جدید
- نقش هوش مصنوعی در توسعه پایدار منابع آب
- نشانگرهای مولکولی مشترک در شناسایی مقاومت به بیماریهای مهم گندم
- مقایسه میدانی حشره کش آبامکتین و ترکیبات معدنی در کنترل پروانه برگخوار مرکبات
- مقایسه برخی ویژگیهای خاک در باغات سیب با سنین مختلف در استان آذربایجان غربی
- تحلیل فضایی و زمانی غلظت ذرات معلق PM۲.۵ در شهر اصفهان
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.