بررسی حضور توالیهای ساده تکراری SSR در پایگاه EST های چغندر قند Betavulgaris L.
- سال انتشار: 1391
- محل انتشار: سومین همایش ملی بیوتکنولوژی کشاورزی ایران (گیاهی، دامی و صنعتی)
- کد COI اختصاصی: AGRIBIOTECH03_077
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 608
نویسندگان
دانشجوی کارشناسی ارشدگروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دان
استادیار گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی
استادیار گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی
استادیار گروه باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی سینا
چکیده
میکروساتلایتها، توالیهای تکراری 6 - 1 نوکلئوتیدی هستند که در ژنوم اکثر موجودات یوکاریوت حضور دارند. گزارش شده است که فراوانی توالی های ساده تکراری SSR در نواحی رونوشت برداری شده نظیر EST ها (نواحی بیان شونده ژنومی) بیشتر از سایر نواحی ژنومی است. به منظور بررسی میزان فراوانی توالیهای ساده تکراری در پایگاه EST های چغندر قند از مجموع 2884 توالی EST سالهای 2011 - 2008 به دست امده بعد از حذف توالی های مشابه برای جستجوی SSR های 6-2 نوکلدوتیدی مورد استفاده قرار گرفت. حداقل تعداد تکرار برای توالی های دو نوکلئوتیدی 6 سه نوکلئوتیدی 5 و بیشتر از ان 4 در نظر گرفته شد. توالی ها در 1697 توالی منفرد و 450 کانتیگ (2 تا 13 توالی مشابه یا همپوشان در هر کانتینگ ) قرار گرفتند. در مجموع 166 توالی 7/73 درصد حاوی SSR بودند که نشان می دهد به طور متوسط یک SSR در هر kb 8/497 حضور دارد. بیشترین فراوانی مربوط به توالی های سه نوکلدوتیدی 49/4 درصد و دو نوکلدوتیدی 36/14 درصد و کمترین آن پنج نوکلدوتیدی 3/01 درصد می باشد. موتیف های TC/GA و CAA/TTG به ترتیب با 29/5 و 8/43 درصد کل SSR های یافت شده فراوانترین موتیف های تکراری بودند. نتایج نشان داد پایگاه EST ها در چغندر پتانسیل بالایی جهت جستجوی SSR ها داشته و با شناسایی آنها زمینه برای توسعه نشانگرهای پلی مورف فراهم می شود.کلیدواژه ها
میکروساتلایت ، SSR ،ESTمقالات مرتبط جدید
- بررسی تنوع زیستی گیاهان مرتعی ارتفاعات کبیرکوه در جنوب دره شهر (استان ایلام)
- عوامل موثر بر میزان پیچان رودخانه های خرم اباد
- ارزیابی کیفیت آب شرب گاوهای شیری در گاوداری های صنعتی حومه مشهد از نظر وجود فلزات سنگین، نیترات و سولفات
- بیو پلیمر پلی ساکاریدی برای مصارف دامپزشکی
- راهکارهای کارآمد کاهش انتشار گازهای گلخانه ای از طریق فناوری کشاورزی هوشمند
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.