بررسی بیوانفورماتیکی پروتئینهای شبه دایسر Dicer-like در سه گیاه دارویی Citrus clementina، Capsella rubella و Citrus sinensis
- سال انتشار: 1391
- محل انتشار: سومین همایش ملی بیوتکنولوژی کشاورزی ایران (گیاهی، دامی و صنعتی)
- کد COI اختصاصی: AGRIBIOTECH03_058
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 1279
نویسندگان
دانشجویان کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی دانشگاه کردستان
دانشجویان کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی دانشگاه کردستان
دانشجویان کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی دانشگاه کردستان
چکیده
پروتئین های دایسر و شبه دایسر ترکیبات کلیدی در مسیر پیدایش میکرو RNA ها و RNA های مداخله گر کوچک از طریق پردازش RNA های دو رشته ی طویل به RNA های کوچک بالغ، می باشند. هدف از این تحقیق بررسی این پروتئین ها در سه گیاه دارویی Citrus ، Capsella rubella clementina و Citrus sinensis استفاده از روش های بیوانفورماتیکی می باشد. ابتدا توالی های آمینواسیدی این پروتئین ها در گیاهان مورد بررسی از پایگاه های اطلاعاتی مورد نظر دریافت شد، سپس ،همردیفی توالی ها صورت گرفت در ادامه دامنه ها و درخت فیلوژنی این پروتئین ها رسم شد. همچنین این مطالعه نشان داد که پروتئین شبه دایسر در این گیاهان بعد از رسم درخت فیلوژنی در 4 دسته مجزا قرار می گیرند که این پروتئین ها دارای چند دامنه اصلی به نام های DSRM,RIBOc,HELICc ،PAZ و DEXDc می باشند که البته تفاوت های از نظر وجود یا عدم وجود برخی از این دامنه ها در آنها مشاهده شد به طوریکه Crdl1 Crdl3 و 2Crdl فاقد دامنه های HELICc و DSRM سایر پروتئینها دارای همه دامنه های اصلی بودند همچنین بررسی های بیشتر نشان داد که میانگین طول این پروتئین در گیاهان مورد بررسی 1579 اسیدامینه ، میانگین وزنی انها 177 کیلو دالتون، میانگین نقطه ایزوالکتریک انها ، میانگین شاخص الیفاتیک انها که نشاندهنده پایداری این پروتئین ها در دمای بالا میباشد همچنین میانگین تعداد پیچهای الفا و صفحات بتا در این پروتئینها به ترتییب 58 و 45 میباشد.بیشترین و کمترین طول پروتئین مربوط Ccdl4 و Crdl3 با مقدار 1963 و 1046 میباشد.کلیدواژه ها
گیاه دارویی ،پروتئین های شبه دایسر ، بیوانفورماتیکمقالات مرتبط جدید
- بررسی تناسب اقلیمی جهت تعیین گونه منتخب آبزی پرورشی (مطالعه موردی جنوب اهواز و شمال شوش)
- ارزیابی فعالیت آنتی آکسیدانی ژنوتیپهای(ارقام) کنجد در پاسخ به تنش سرما
- تاثیر تنش سرما برمحتوای H۲O۲ و MDA در ژنوتیپهای کنجد در مرحله ی گیاهچهای
- بررسی برهمکنش قارچ مایکوریزا آربسکولار و سطوح مختلف فسفر بر گیاه باقلا (. vicia faba L ) تحت شرایط تنش خشکی.
- اثرات زیست محیطی سدها
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.