پیش بینی متغییرهای ژنی آنزیم پالمیتویل کوآنزیم آ براساس مدل های بیوانفورماتیک

  • سال انتشار: 1391
  • محل انتشار: سومین همایش ملی بیوتکنولوژی کشاورزی ایران (گیاهی، دامی و صنعتی)
  • کد COI اختصاصی: AGRIBIOTECH03_045
  • زبان مقاله: فارسی
  • تعداد مشاهده: 1105
دانلود فایل این مقاله

نویسندگان

علی سالاری

دانشجوی کارشناسی زیست شناسی دانشگاه پیام نور

مرتضی رضوی

دانشجوی کارشناسی زیست شناسی دانشگاه پیام نور قم

منصور ابراهیمی

گروه پژوهشی بیوانفورماتیک، پژوهشکده سبز دانشگاه قم

چکیده

اسید های چرب به زنجیره ای گفته می شود که در یک انتهای آن کربوکسیل قرار داشته و به دو دسته ی اسید چرب اشباع و غیر اشباع طبقه بندی می شوند. بیشتر اسیدهای چرب غیر اشباع براساس موقعیت اولین پیوند دوگانه شان به امگا - 3 ، 6 و 9 تقسیم بندی می شوند. هدف: پیدا کردن مهمترین مولفه های ژنی اختصاصی ارگانیزمی آنزیم پالمیتویل کوآنزیم آ هیدرولاز Palmitoyl-CoA hydrolase ‐ PCH با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی و طراحی مدلهای پیش بینی (برای اولین بار) جهت تعیین ارگانیزمهای این آنزیم ها می باشد. روش: روش کار توسط ابزار های متفاوت بیوانفورماتیکی و نرم افزار هایی مانند CLC Bio software می باشد که تعداد 66 مشخصه ی ژنی را از نظر تعداد تکرار نوکلئوتیدها و عناصر متفاوت ژن ها مورد محاسبه قرار می دهد. همچنین توسط برنامه Rapidminer با استفاده از مدلهای مختلف وزن دهی، درخت های تصمیم گیری و همچنین دسته بندی متغیرهای ژنی براساس میزان اهمیت، استخراج می کند. برای اولین بار طراحی مدلهای یادگیری برای پیش بینی ارگانیزمهای آنزیمی بر اساس متغیرهای ژنی صورت گرفت. نتیجه: مهمترین متغیر ژنی در تشخیص ساختارهای ارگانیزمی آنزیم PCH فراوانی نوکلئوتیدهای AG بوده است. همچنین مدل های پیش بینی طراحی شده نشان دادند که مدل Neural Network با معیار Info Gain Ratio با ذقت 95.57% می تواند ارگانیزم آنزیم های جدید را بر اساس خصوصیات ژنی پیش بینی نماید. دو یافته فوق برای اولین بار در این مطالعه گزارش می شوند.

کلیدواژه ها

،PCH ،Palmitoyl-CoA Hydrolase امگا 3

مقالات مرتبط جدید

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.