مطالعات گسترده ارتباطی ژنومی GWAS و نرم افزار R
- سال انتشار: 1391
- محل انتشار: سومین همایش ملی بیوتکنولوژی کشاورزی ایران (گیاهی، دامی و صنعتی)
- کد COI اختصاصی: AGRIBIOTECH03_041
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 9977
نویسندگان
دانشجوی دکتری اصلاح دام دانشگاه فردوسی
عضوء هیئت علمی گروه علوم دامی دانشگاه فردوسی
عضوء هیئت علمی گروه علوم دامی دانشگاه فردوسی
چکیده
مطالعات گسترده ارتباطی ژنومی GWAS تنوع ژنتیکی مرتبط با یک بیماری خاص را با مارکرهایی ملکولی که کل ژنوم را پوشش می دهند، در بین تعداد زیادی از افراد پیدا می کند. در این مطالعات تنوع ژنتیکی چند شکلی های تک نوکلئوتیدی به عنوان مارکر بررسی می شود. با مقایسه فراوانی آللی و ژنوتیپی چند شکلی های تک نوکلئوتیدی در افراد سالم و بیمار SNP موثر بر روی بیماری شناسایی می شود. بررسی تنوع ژنتیکی صفات کمی از روی فنوتیپ ، شناسایی اثرات متقابل ژنها، بررسی ارتباطی بین ژنها و چند شکلی های تک نوکلئوتیدی مرتبط با بیان ژن و فنوتیپ از دیگر کاربردهای مطالعات GWAS می باشد. مطالعات فوق را با به کمک نرم افزار R می توان به خوبی پوشش داد. بسته های نرم افزاری تخصصی زیادی برای این نرم افزار طراحی شده است. بسته نرم افزاری SNPassoc به طور اختصاصی برای مطالعات گسترده ارتباطی ژنومی طراحی شده است و اکثر آنالیز های در ارتباط با این مطالعات شامل : برآورد شاخص های آماری ، بررسی تعادل هاردی واینبرگ ، تعیین ارتباطات ژنتیکی ، آنالیز هاپلوتایپ ها و آزمونpermutation را انجام می دهد. همچنین تسهیلات خاصی برای تکثیر و ذخیره داده های زیاد را فراهم می آورد و خیلی سریع آزمون های مربوطه را اجرا می کند. از طرفی توابع ویژه ایی برای آنالیز و نمایش نتایج دارد و از بسته های نرم افزاری مشابه دیگر بسیار موثر تر است. با بسته نرم افزاری تخصصی مذکور و با شبیه سازی فایل داده برای 1000 نفر با 10000 چند شکلی تک نوکلئوتیدی به خوبی برآوردهای فوق محاسبه گردید.کلیدواژه ها
مطالعات گسترده ارتباطی ژنومی، نرم افزار R ، چند شکلی تک نوکلئوتیدیمقالات مرتبط جدید
- اثر وزن بنه مادری و مقادیر کود دامی بر عملکرد بنه های دختری و گل زعفران در سال دوم
- بررسی پیشرفت های ریزازدیادی زعفران ( Crocus sativus L. ) و چالشهای آن
- بررسی ارتباط غلظت آهن بنه زعفران با عملکرد ماده خشک در دو منطقه قائن و نهبندان در خراسان جنوبی
- برهمکنش شوری، کود گاوی و روش کاشت بر محصول و رشد زعفران در سال پنجم دوره رشد
- اثر محتوای فسفر برگ و بنه بر خصوصیات رشدی بنه های دختری زعفران
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.