مطالعات گسترده ارتباطی ژنومی GWAS و نرم افزار R

  • سال انتشار: 1391
  • محل انتشار: سومین همایش ملی بیوتکنولوژی کشاورزی ایران (گیاهی، دامی و صنعتی)
  • کد COI اختصاصی: AGRIBIOTECH03_041
  • زبان مقاله: فارسی
  • تعداد مشاهده: 9979
دانلود فایل این مقاله

نویسندگان

مرتضی بیطرف ثانی

دانشجوی دکتری اصلاح دام دانشگاه فردوسی

علی اصغر اسلمی نژاد

عضوء هیئت علمی گروه علوم دامی دانشگاه فردوسی

محمد رضا نصیری

عضوء هیئت علمی گروه علوم دامی دانشگاه فردوسی

چکیده

مطالعات گسترده ارتباطی ژنومی GWAS تنوع ژنتیکی مرتبط با یک بیماری خاص را با مارکرهایی ملکولی که کل ژنوم را پوشش می دهند، در بین تعداد زیادی از افراد پیدا می کند. در این مطالعات تنوع ژنتیکی چند شکلی های تک نوکلئوتیدی به عنوان مارکر بررسی می شود. با مقایسه فراوانی آللی و ژنوتیپی چند شکلی های تک نوکلئوتیدی در افراد سالم و بیمار SNP موثر بر روی بیماری شناسایی می شود. بررسی تنوع ژنتیکی صفات کمی از روی فنوتیپ ، شناسایی اثرات متقابل ژنها، بررسی ارتباطی بین ژنها و چند شکلی های تک نوکلئوتیدی مرتبط با بیان ژن و فنوتیپ از دیگر کاربردهای مطالعات GWAS می باشد. مطالعات فوق را با به کمک نرم افزار R می توان به خوبی پوشش داد. بسته های نرم افزاری تخصصی زیادی برای این نرم افزار طراحی شده است. بسته نرم افزاری SNPassoc به طور اختصاصی برای مطالعات گسترده ارتباطی ژنومی طراحی شده است و اکثر آنالیز های در ارتباط با این مطالعات شامل : برآورد شاخص های آماری ، بررسی تعادل هاردی واینبرگ ، تعیین ارتباطات ژنتیکی ، آنالیز هاپلوتایپ ها و آزمونpermutation را انجام می دهد. همچنین تسهیلات خاصی برای تکثیر و ذخیره داده های زیاد را فراهم می آورد و خیلی سریع آزمون های مربوطه را اجرا می کند. از طرفی توابع ویژه ایی برای آنالیز و نمایش نتایج دارد و از بسته های نرم افزاری مشابه دیگر بسیار موثر تر است. با بسته نرم افزاری تخصصی مذکور و با شبیه سازی فایل داده برای 1000 نفر با 10000 چند شکلی تک نوکلئوتیدی به خوبی برآوردهای فوق محاسبه گردید.

کلیدواژه ها

مطالعات گسترده ارتباطی ژنومی، نرم افزار R ، چند شکلی تک نوکلئوتیدی

مقالات مرتبط جدید

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.