معرفی یک واکسن چند اپی توپی کارآمد در برابر سویه های مختلف SARS-CoV-۲: واکسینولوژی معکوس
- سال انتشار: 1402
- محل انتشار: مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی، دوره: 10، شماره: 3
- کد COI اختصاصی: JR_JHBMI-10-3_006
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 214
نویسندگان
PhD Student in Agricultural Biotechnology, Department of Plant Breeding and Biotechnology, Faculty of Agriculture, University of Tabriz, Tabriz, Iran
PhD in Molecular Biology and Biotechnology, Associate Professor, Department of Plant Breeding and Biotechnology, Faculty of Agriculture, University of Tabriz, Tabriz, Iran
PhD in Biochmistry, Full Professor, Faculty of Natural Sciences and Research Center for Biosciences and Biotechnology (RCBB), University of Tabriz, Tabriz, Iran
PhD in Biotechnology, Associate Professor, Department of Biotechnology, Iranian Research Organization for Science and Technology, Tehran, Iran
PhD in Immunology, Assistant Professor, Department of Immunology, Immunology Research Center, Tabriz University of Medical Sciences, Tabriz, Iran
چکیده
مقدمه: در سال های اخیر، COVID-۱۹ به عنوان تهدیدی در زمینه سلامت شناخته شده است. با وجود واکسیناسیون هنوز هم افراد به این بیماری مبتلا می شوند چراکه واریانت های به روزتر دارای جهش هایی در ژنوم خود هستند که در اتصال به گیرنده های میزبان و فرار از پاسخ های سیستم ایمنی نقش دارند. از این رو مهم ترین هدف این مطالعه معرفی یک واکسن سریع و کاربردی به کمک ابزارهای بیوانفورماتیکی برای مقابله با این جهش های متنوع در سویه های مختلف SARS-CoV-۲ است. روش: به منظور نقشه برداری اپی توپ ها، پروتئین اسپایک ۳۲ واریانت مختلف بازیابی شد. سپس از (Immune Epitope Database) IEDB، NetCTL و NetMHCIIpan برای پیش بینی اپی توپ های سلول T و B استفاده شد. واکسن مبتنی بر اپی توپ های حفاظت شده از نظر آنتی ژنی، حساسیت زایی، سمیت، حلالیت، خواص فیزیکوشیمیایی، پوشش جمعیتی و ساختار ثانویه با سرورهای مربوطه بررسی شدند. مدل سازی به کمک Robetta و داکینگ با گیرنده شبه (TLR۳) Toll ، به ترتیب با استفاده از Cluspro، PatchDock و FireDock انجام شد. نتایج: پس از ارزیابی های دقیق، تمامی نتایج کیفیت مطلوب واکسن را تایید کردند. طبق بررسی های بیشتر این ساختار مشابه پروتئین بومی است و برهمکنشی پایدار و قوی بین واکسن و گیرنده وجود دارد. براساس شبیه سازی دینامیک مولکولی فشردگی ساختاری و پایداری در اتصال نیز مشاهد شد. علاوه بر این، شبیه سازی ایمنی نشان داد که واکسن می تواند پاسخ های ایمنی مشابه با شرایط واقعی را تحریک نماید. در نهایت، بهینه سازی کدون و شبیه سازی in silico بیان کارآمد در Escherichia coli را تایید کرد. نتیجه گیری: براساس نتایج به دست آمده واکسن چند اپی توپی طراحی شده می تواند به عنوان یک کاندیدای پیشگیری کننده در برابر SARS-CoV-۲ عمل نماید.کلیدواژه ها
Dynamic Simulation, Immunoinformatics, Immune Simulation, Molecular Docking, Multi-epitope Vaccine, شبیه سازی دینامیکی, ایمونوانفورماتیک, شبیه سازی ایمنی, داکینگ مولکولی, واکسن چند اپی توپیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.