برآورد میزان ضرایب همخونی ژنومی، شناسایی جزایر همخون و ژن های متاثر در برخی از گوسفندان نژاد مصری سازگار با شرایط محیطی متفاوت
- سال انتشار: 1403
- محل انتشار: فصلنامه علوم دامی ایران، دوره: 55، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_IJAS-55-1_007
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 131
نویسندگان
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک، اراک، ایران
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ایلام، ایلام، ایران
چکیده
در پژوهش حاضر، به منظور برآورد میزان ضرایب همخونی ژنومی و شناسایی جزایر ROH، مجموع ۲۰۶راس گوسفند متعلق به سه نژاد گوسفند مصری با تراشههای K۵۰ تعیین ژنوتیپ شدند. پس از کنترل کیفیت دادهها، ۴۸۳۶۱ تعداد نشانگر SNP در تعداد نمونه ۲۰۴ راس گوسفند باقی ماند. تخمین ضریب همخونی، از طریق چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM)، میزان هموزیگوسیتی (FHOM)، همبستگی گامتها (FUNI)، با استفاده از نرمافزار GCTA (نسخه۰/۱) و همچنین، قطعات هموزیگوت ژنومی (FROH) با PLINK (نسخه ۹/۱) محاسبه شد. بعنوان پیش فرض، ۱ درصد از نشانگرهای SNP با بالاترین فراوانی در قطعات هموزیگوت بعنوان، جزایر ROH در نظر گرفته شد. نتایج این بررسی نشان داد که بطور کلی، پس از تجزیه و تحلیلهای انجام شده مجموع، ۶۲ جزیره ROH با طول ۶۰/۲۴ تا ۱۳ مگاباز شناسایی شد. بطورئیکه، توزیع جزایر ROH در سرتاسر ژنوم یکنواخت نبود و بین نژادها متفاوت بود، بطوری که بیشترین و کمترین تعداد جزایر ROH به ترتیب روی کروموزومهای شماره ۱، ۲۴ و ۲۶ مشاهده شد، ولی، برخی مناطق مشترک شناسایی شدند. میانگین تعداد و طول ROH محاسبه شده در تمام نژادهای گوسفند مورد مطالعه به ترتیب برابر، با ۱۱ و ۷۸/۲۰۵ مگا جفت باز بود. کمترین ضریب همخونی محاسبه شده با سه روش (FGRM، FHOM، FUNI) مربوط به نژاد گوسفند وهیتی و بیشترین مربوط به نژاد گوسفند سیدی بود. همچنین، بیشترین میزان FROH (۰۴۳/۰) در نژاد سیدی و کمترین مقدار آن (۰۱۸/۰) در نژاد بارکی برآورد شد. بررسی بیوانفورماتیکی، مناطق شناسایی شده نشان داد که برخی از این مناطق ژنومی با ژنهای موثر بر آداپتاسیون و سیستم ایمنی (SEMA۳D، CSF۲، ITPR۱)، ژنهای کاندیدای دخیل صفات رشد و توسعه عضلات اسکلتی (UGGT۱، ITGA۲)، ژنهای کاندیدای تولیدمثل (ABHD۱۶B) همپوشانی دارند. به عنوان جمع بندی نتایج پژوهش حاضر نشان داد که فرآیند انتخاب برای صفات مهم اقتصادی در طی سالهای متوالی، منجر به شکلگیری قطعات هموزیگوت زیادی به نام جزایر ROH در ژنوم گوسفندان شده است که پویش ژنومی این جزایر در سطح ژنوم میتواند بعنوان، راهبرد جایگزین برای شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با صفات مهم اقتصادی باشد.کلیدواژه ها
ژن کاندیدا, سیستم ایمنی, سیگنال انتخاب, جزایر ROH, گوسفنداطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.