شناسایی و پیش بینی عملکرد RNAهای بلند غیرکدکننده در پروفایل بیانی سیب زمینی آلوده به ویروس PVY
- سال انتشار: 1403
- محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 16، شماره: 2
- کد COI اختصاصی: JR_JOAGK-16-2_006
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 239
نویسندگان
دانشجوی دکتری، گروه گیاهپزشکی دانشکده تولید گیاهی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، گرگان، ایران
نویسنده مسئول: دانشیار، گروه گیاهپزشکی دانشکده تولید گیاهی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، گرگان، ایران.
استادیار گروه گیاهپزشکی دانشکده تولید گیاهی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، گرگان، ایران
دانشیار مهندسی کشاورزی بخش تحقیقات سبزی، صیفی و حبوبات آبی، موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر، کرج، ایران.
استاد گروه سلولی و مولکولی دانشکده علوم و فناوری زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران.
دانشیار گروه علوم باغبانی دانشکده تولید گیاهی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، گرگان، ایران
چکیده
هدف: ویروس Y سیب زمینی یکی از مهم ترین عوامل خسارت زا و محدودکننده کشت سیب زمینی می باشد. گیاهان با استفاده از مکانیسم های تحمل یا مقاومت به تنش، از طریق تنظیم بیان ژن ها در سطوح مختلف رونویسی، پس از رونویسی و ترجمه، با شرایط آسیب رسان مقابله می کنند. بنابراین عوامل تنظیمی، در کنترل بیان ژن ها تحت انواع تنش ها نقش بسیار مهمی دارند. یکی از مهم ترین عناصر تنظیم کننده ژن ها RNAهای بلند غیرکدکننده می باشند. پژوهش حاضر با هدف شناسایی lncRNAها و بررسی تغییرات بیان آن ها در گیاهچه های سیب زمینی آلوده به PVY انجام شد.مواد و روش ها: در این پژوهش از نرم افزار CLC Genomic Workbench به منظور تجزیه و تحلیل داده ها استفاده شد. پس از شناسایی lncRNAها، ژن های تحت تاثیر آن ها نیز مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. سپس تجزیه و تحلیل هستی-شناسی ژن و مسیرهای KEGG با استفاده از String analysis انجام شد و در نهایت برهمکنش بین lncRNAهای شناسایی شده و miRNAهای سیب زمینی مورد بررسی قرار گرفت.نتایج: طبق نتایج به دست آمده در مجموع ۳۷۴۲ توالی به عنوان lncRNA در ترنسکریپتوم سیب زمینی آلوده به ویروس PVY شناسایی شد که از بین آن ها ۷۶۹ عدد دارای بیان افتراقی بودند. به طوری که ۳۱۰ lncRNA در شرایط آلودگی سیب-زمینی به PVY کاهش بیان و ۴۵۹ عدد افزایش بیان نشان دادند. بررسی هستی شناسی ژن های هم بیان با lncRNAهای شناسایی شده نشان دهنده نقش حیاتی این ژن ها در فرآیندهای زیستی مختلف، بیوسنتز ترکیبات سلولی، تشکیل کمپلکس های پروتئینی و انتقال سیگنال ها می باشد. همچنین ژن های دخیل در فرآیندهای بیولوژیکی مرتبط با ایجاد پاسخ های دفاعی در برابر تنش، ایجاد واکنش فوق حساسیت، متابولیسم ترهالوز، پاسخ های ضدویروسی مرتبط با خاموشی RNA و مسیرهای پیام دهی به منظور القای مقاومت سیستمیک، با lncRNAهای شناسایی شده در تحقیق حاضر هم بیان بودند. نتایج بررسی شبکه هم بیانی lncRNAها با miRNAها نشان دهنده برهمکنش ۵۶ lncRNA با ۵ miRNA بود. بیشترین برهمکنش بین lncRNAها با stumiR۶۰۲۴-۳p مشاهده شد.نتیجه گیری: با توجه به برهمکنش بین lncRNAهای بررسی شده با ژن های دخیل در ایجاد پاسخ های دفاعی در برابر تنش، استنباط می شود که تغییرات بیان این lncRNAها بخش مهمی از مکانیسم پاسخ به بیماری ویروسی باشد. نتایج حاصل می-تواند گامی در جهت درک بهتر lncRNAها و عملکرد آن ها در توسعه ارقام متحمل و مقاوم به PVY باشد.کلیدواژه ها
ترنسکریپتوم, توالی یابی RNA, RNAهای بلند غیرکدکنندهاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.