تحلیل شبکه ژنی جهت شناسایی ژن های هاب و مسیرهای زیستی مرتبط با ورم پستان در گاو شیری بر پایه آنالیز بیوانفورماتیک
- سال انتشار: 1403
- محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 16، شماره: 2
- کد COI اختصاصی: JR_JOAGK-16-2_009
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 336
نویسندگان
نویسنده مسئول: دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه جیرفت، جیرفت، ایران
دکتری اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران
دانشجوی دکتری، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران
چکیده
هدف: ورم پستان یک بیماری عفونی در دوران خشکی و شیردهی گاو شیری است که اثرات مخرب شناخته شده ای بر سلامت حیوانات و سود اقتصادی دارد و هر ساله خسارت زیادی به صنعت لبنیات وارد می کند. هدف از این تحقیق شناسایی ژن های هاب و مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با بیماری ورم پستان در گاو شیری با استفاده از تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک است.مواد و روش ها: مجموع ۲۱ نمونه داده ریزآرایه شامل ۹ نمونه از بافت گاو سالم و ۱۲ نمونه از بافت آلوده به E.coli از پایگاه داده GEO با شماره دسترسی GSE۲۴۲۱۷ استخراج و با استفاده از GEO۲R مورد ارزیابی قرار گرفت. و سپس بر اساس دو معیار ۰۵/۰> adjP-value و۱|LogFC| ≥ ژن های متفاوت بیان مشخص گردید. افزونه CytoHubba در نرم افزار Cytoscape و روش های تحلیل توپولوژیکی DMNC ,MCC ,MNC, DEGREE برای شناسایی ژن های هاب استفاده شد.. جهت شناسایی مسیرهای سیگنالدهی از ابزار STRING بر اساس شاخص ۰۵/۰> FDR استفاده شد.نتایج: در مجموع ۶۳۱ ژن بیان متفاوت داشتند که از این بین تعداد ۱۳۶ ژن در بافت پستان آلوده نسبت به سالم بیان پایین و ۴۹۵ ژن بیان بالا داشتند. از این تعداد ۲۰۵ ژن تشکیل شبکه هم بیانی دادند. ۱۲ ژن هاب شاملCCL۱۹ ، ALB، GAPDH، PTPRC، ICAM۱، IL۶، IL۱B، IL۱۸، CXCL۸، CCL۲۰، CXCL۱۶، CCL۳ شناسایی شد. نتایج تجزیه و تحلیل مسیرهای بیولوژیکی نشان داد که لیست ژنی مورد مطالعه در ۶۶ مسیر بیولوژیکی نقش دارند کهNOD-like receptor signaling pathway، TNF signaling pathway، IL-۱۷ signaling pathway نقش عملکردی مهمی در بیماری ورم پستان گاو شیری دارند.نتیجه گیری: ژن ها و مسیرهای پیشنهاد شده ممکن است منجر به درک بیشتری از مکانیسم های مولکولی موثردر بیماری ورم پستان شود و می توان در برنامه اصلاحی پیشگیری و تشخیص زودرس ورم پستان و اهداف درمانی این عفونت در نظر گرفت. پیش بینی می شود که این نتایج ممکن است نشانگرهای زیستی دقیق تر و عملا قابل اعتمادتری را برای تشخیص زودهنگام و پیشگیری و درمان فردی ورم پستان E. coli گاوی ارائه دهند.کلیدواژه ها
بیوانفورماتیک, ژن های هاب, مسیر های بیولوژیکی, ورم پستاناطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.