کاربرد الگوریتم جنگل تصادفی در برآورد آثار نشانگرها و تعیین ژن های کاندیدا برای صفات تولیدمثلی در گاو شیری هلشتاین ایران
- سال انتشار: 1403
- محل انتشار: مجله تحقیقات تولیدات دامی، دوره: 13، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_ARGU-13-1_007
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 190
نویسندگان
دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز
استاد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز
استاد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز
دانشیار، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی
چکیده
روش یادگیری ماشین، رویکرد قدرتمندی برای مطالعات ژنومی است. هدف تحقیق حاضر، استفاده از روش یادگیری ماشین (جنگل تصادفی) برای پویش ژنومی پیشنهادی صفات تولیدمثلی شامل سن در زمان اولین زایش (AFC)، روزهای باز (DO)، فاصله گوسالهزایی (CI) و نرخ آبستنی دختران (DPR) در گاوهای هلشتاین ایران بود. اطلاعات لازم از مرکز اصلاح نژاد و بهبود تولیدات دامی کشور اخذ شد. اطلاعات ژنوتیپی شامل نشانگرهای چند شکلی تک نوکلئوتیدی (SNP) مربوط به ۲۴۱۹ راس گاو هلشتاین نر بود. فایل داده مشتمل بر رکوردهای ثبت شده سالهای ۱۳۶۰ تا ۱۳۹۸ شامل ۲۷۷۴۱۸۳ راس دام بود. با توجه به تفاوت تراکم در اطلاعات ژنومی گاوهای نر، تعداد نشانگرهای آن ها نیز با یکدیگر متفاوت بود. برای یکسانسازی نشانگرها از نرم افزار FImpute برای جانهی ژنوتیپ استفاده شد. در این تحقیق با استفاده از الگوریتم جنگل تصادفی که نمونه ای از الگوریتم های با نظارت و از نوع رگرسیونی است، در مجموع، ۲۱ نشانگر با میزان اهمیت بالا برای صفات مختلف تولیدمثلی مشخص شد. سپس، با استفاده از روش هستیشناسی ژن، ژنهای پیشنهادی مهمی برای این صفات شناسایی شدند. ژنهای MPZL۱ و CD۲۴۷ شناسایی شده روی کروموزوم ۳ در ارتباط با صفت AFC و ژنهای RPS۶KC۱ و FAM۱۷۰A در ارتباط با صفت DPR برای بهبود عملکرد تولیدمثلی گاوهای شیری، مهم بوده و میتوانند مورد استفاده قرار گیرند. نشانگرها و ژنهای شناسایی شده در این تحقیق میتوانند اطلاعات جدیدی را در مورد معماری ژنتیکی صفات تولیدمثلی برای بهبود ژنومی آنها ارائه دهد و در طراحی تراشهها برای ارزیابی صفات تولیدمثلی مورد استفاده قرار گیرد.کلیدواژه ها
الگوریتم جنگل تصادفی, ژنوتیپ, گاو شیری, نشانگر, یادگیری ماشیناطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.