شناسایی نشانگرهای انتخاب مرتبط با گوسفندان ایرانی در مقایسه با نژاد غیرایرانی رومانف با استفاده از داده های توالی یابی کل ژنومی

  • سال انتشار: 1403
  • محل انتشار: فصلنامه تولیدات دامی، دوره: 26، شماره: 1
  • کد COI اختصاصی: JR_JAP-26-1_001
  • زبان مقاله: فارسی
  • تعداد مشاهده: 31
دانلود فایل این مقاله

نویسندگان

عباس میرزاپور آبی بگلو

گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. رایانامه: amirza@student.uma.ac.ir

نعمت هدایت

نویسنده مسئول، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. رایانامه: nhedayat@uma.ac.ir

رضا خلخالی ایوریق

گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. رایانامه: r.khalkhali@uma.ac.ir

رضا سید شریفی

گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. رایانامه: sharifi_r@uma.ac.ir

چکیده

به دلیل تنوع اقلیمی بالا در ایران، گوسفندان بومی کشور، از تنوع چشم گیری برخوردار هستند. به نظر می رسد تفاوت های اقلیمی، ردپایی در ژنوم نژادهای بومی مناطق مختلف جهان به جای گذاشته باشند. هدف از مطالعه حاضر، شناسایی نشانه های انتخاب مرتبط با گوسفندان ایرانی در مقایسه با نژاد غیرایرانی رومانف در سطح ژنوم می باشد. به این منظور، از داده های توالی یابی شده کل ژنوم گوسفندان ایرانی و غیرایرانی موجود در پایگاه داده ای NCBI استفاده گردید. این توالی ها، پس از سنجش و پالایش کیفی، به ژنوم مرجع گوسفند هم طراز شدند. پس از شناسایی تنوع های ژنومی، برای شناسایی نواحی تحت انتخاب مثبت در ژنوم گوسفندان ایرانی، از دو روش Fst و XP-EHH استفاده شد. پس از استخراج ژن های موجود در نواحی تحت انتخاب، با استفاده از نرم افزار BEDtools و فایل GTF مرتبط با ژنوم گوسفند، شرح نویسی عملکردی این ژن ها با استفاده از آنالیز هستی شناسی ژن صورت پذیرفت. براساس نتایج به دست آمده، به ترتیب ۹۰۷ و ۳۱۱ ژن کدکننده پروتئین توسط روش های Fst و XP-EHH شناسایی شدند که تعداد ۲۹ ژن بین این دو روش مشترک بودند. ارزیابی های بیش تر نشان داد که تعدادی از این ژن ها، در صفات مرتبط با بهبود کیفیت چربی شیر (PCCB)، باروری (SPATA۵، RAB۳۵ و DICER۱)، رشدونمو ماهیچه ای (NF۱، AKAP۶ و HDAC۹)، وزن بدن (FBXL۳، GRID۲ و ADAMTS۱۷)، سازگاری به نواحی سخت بیابانی و کوهستانی (BMPR۲ و NF۱) و شیر (EXOC۶B) دخیل هستند. نتایج نشان داد که گوسفندان ایرانی احتمالا برای سازگاری به مناطق خشک بیابانی و ارتقای کیفیت گوشت و شیر موردانتخاب قرار گرفته اند.

کلیدواژه ها

توالی یابی کل ژنوم, رومانف, گوسفندان ایرانی, نشانه های انتخاب

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.