تنوع سیستمهای CRISPR/Cas در جنس لوکونوستوک

  • سال انتشار: 1402
  • محل انتشار: دوفصلنامه مهندسی ژنتیک و ایمنی زیستی، دوره: 12، شماره: 2
  • کد COI اختصاصی: JR_GEB-12-2_009
  • زبان مقاله: فارسی
  • تعداد مشاهده: 166
دانلود فایل این مقاله

نویسندگان

سارا غفاریان

Department of Cellular and Molecular Biology, Faculty of Sciences, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran

بهمن پناهی

Department of Genomics, Branch for Northwest & West region, Agricultural Biotechnology Research Institute of Iran (ABRII), Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Tabriz, Iran.

چکیده

عفونت بوسیله باکتریوفاژها یکی از چالش­های مهم کاربرد باکتری­های مختلف در صنایع می­باشد. یکی از سیستم­های ضد ویروسی ذاتی در باکتری­ها سیستم CRISPR/Cas می باشد و تعیین ویژگی این سیستم­ها در باکتری­ها می­تواند در فرمولاسیون و بکارگیری این باکتری­ها نقش کمک کننده­ای داشته باشد بر این اساس به منظور شناسایی سیستم CRISPR/Cas در باکتری­های جنس لوکونوستوک،  توالی ژنوم کامل ۱۸ گونه شناسایی شده­ی این جنس مورد کاوش قرار گرفت و اطلاعات سیستم CRISPR/Cas آن­ها بر اساس الگوریتم­های مبتنی بر همولوژی بررسی گردید. در مرحله بعد ویژگی­های مربوط به ساختارهای کونفورماسیونی و پایداری سیستم­های شناسایی شده بر اساس انرژی آزاد تعیین، جایگاه شناسایی فاژها (PAM ) با استفاده از رویکردهای مبتنی بر BLAST شناسایی، و در نهایت روابط خویشاوندی این سیستم­ها بر اساس توالی آمینواسیدی پروتئین­های همراه مورد ارزیابی قرار گرفت. بر اساس نتایج بدست آمده از مجموع ۱۸ گونه ثبت شده برای این جنس در NCBI، ۹ گونه­ دارای سیستم CRISPR/Cas کامل بودند. نتایج مربوط به تعیین نوع سیستم CRISPR/Cas ، نشان داد که غیر از یک مورد، همه سویه­ها حاوی سیستم نوع II-A  می­باشند. تعداد توالی­های تکراری در این سیستم­ها بین ۴ تا ۱۰۱ عدد و طول متوسط توالی­های فاصله دهنده  بین ۲۸ تا ۳۰ نوکلوئوتید متغییر بودند. در مجموع ۹ نوع توالی PAM در انتهای ´۳ و ۹ نوع توالی  PAM در انتهای ´۵  این سیستم­ها شناسایی شد. بر اساس نتایج آنالیز خویشاوندی، این سیستم­ها در دو گروه اصلی تقسیم­بندی شدند. سیستم CRISPR/Cas نوع II-A فعال­ترین سیستم بر علیه DNA مهاجم خارجی در باکتری­های جنس لوکونوستوک باشد.

کلیدواژه ها

Leuconostoc, CRISPR, Diversity, Relationship, Structure., لوکونوستوک, CRISPR, تنوع, رابطه خویشاوندی, ساختار

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.