بررسی تنوع گونه ای دو عقرب Androctonus crassicauda و Hemiscorpius lepturus با استفاده از ژن های متابولیسمی متفاوت بیان شده در داده های RNA-seq
- سال انتشار: 1402
- محل انتشار: فصلنامه محیط زیست جانوری، دوره: 15، شماره: 3
- کد COI اختصاصی: JR_AEJO-15-3_012
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 40
نویسندگان
گروه محیط زیست، واحد اصفهان (خوراسگان)، دانشگاه آزاد اسلامی، اصفهان، ایران
گروه محیط زیست، واحد اصفهان (خوراسگان)، دانشگاه آزاد اسلامی، اصفهان، ایران
بخش جانوران سمی و تولید پادزهر، موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی شعبه جنوب غرب کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، اهواز، ایران
گروه گیاه پزشکی، واحد اصفهان (خوراسگان)، دانشگاه آزاد اسلامی، اصفهان، ایران
چکیده
راسته عقرب ها جزء رده عنکبوتیان و شاخه بندپایان دسته بندی می شوند. با توجه به این که مطالعات گسترده ای در سراسر جهان در حوزه فیلوژنتیکی و مورفولوژیکی در حال انجام است، دسته بندی عقرب ها نیز در حال به روز رسانی می باشد. این مطالعه در سال ۱۴۰۰ انجام گردیدد. هدف از پژوهش حاضر، بازسازی شبکه متابولیسمی عقرب های Androctonus crassicauda و Hemiscorpius lepturus با استفاده از مطالعات RNA-seq و معرفی ژن های متابولیسمی کلیدی متفاوت بیان شده بین دو گونه عقرب به عنوان نشانگر ملکولی برای ارزیابی تنوع ژنتیکی بین گونه های مختلف عقرب بود. صید عقرب ها با استفاده از نور فرابنفش و در نواحی مختلف استان خوزستان انجام شد (۱۰ نمونه از هر گونه). سم گیری از عقرب ها به روش شوک الکتریکی انجام شد و پس از گذشت ۷۲ ساعت از سم گیری، غده زهر جداسازی و با استفاده از هاون چینی و ازت مایع پودر گردید. استخراج RNA از غده زهر با استفاده از کیت تجاریRNeasy Animal Mini Kit (Qiagen, Valencia, CA, USA) طبق دستور العمل شرکت انجام گردید. به این منظور توالی یابی ترانسکریپتوم دو گونه عقرب انجام شد و تفاوت بیان ژن ها توسط نرم افزار RSEM آنالیز گردید. نتایج آنالیز ها نشان داد که در مجموع ۶۸۸۰۶۰ یونی ژن در بین دو گونه شناسایی شدند که از این تعداد ۴۲۶۷۶ ژن دارای تفاوت بیان معنی داری بودند (۰/۰۵> p). هستی شناسی ژن های متفاوت بیان شده با استفاده از پایگاه های KEEG و GO انجام شد و نتایج نشان داد که ژن های دخیل در مسیر متابولیسمی بیش ترین فراوانی را دارا می باشند. بازسازی شبکه متابولیسمی عقرب و تجزیه و تحلیل آن با استفاده از پایگاه داده استرینگ و نرم افزار سایتواسکیپ منجر به شناسایی ۵ ژن هاب متابولیسمی گردید. در نهایت با استفاده از توالی اسید آمینه ای ژن هاب، (تریوز فسفات ایزومراز، سیترات سنتاز، گلوگز ۶- فسفات ایزومراز، کاتالاز و انولاز) درخت فیلوژنتیکی بین ۷ گونه عقرب ترسیم شد. این تحقیق استفاده از این ۵ ژن متابولیسمی را بر ای بررسی روابط فیلوژنتیکی در عقرب ها کارآمد ارزیابی کرد.کلیدواژه ها
تنوع ژنتیکی, درخت فیلوژنتیکی, روابط فیلوژنتیکی, شبکه متابولیسمی, هستی شناسی ژن هااطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.