Molecular diagnosis of Coxiella burnetii in milk based on Plasmid and Transposon Genes

سال انتشار: 1402
محل انتشار: فصلنامه میکروب شناسی پزشکی ایران، دوره: 17، شماره: 5
کد COI اختصاصی: JR_IJMM-17-5_006
زبان مقاله: انگلیسی
تعداد مشاهده: 188

نویسندگان

Department of Microbiology, Faculty of Veterinary Medicine, Urmia University, Urmia, West Azerbaijan, Iran

چکیده

Background and Aim: All Coxiella burnetii isolates carry one of four large, conserved, autonomously replicating plasmids or a plasmid-like chromosomally integrated sequence. Materials and Methods: In Sulaimani City, Iraq, from September ۲۰۲۰ to September ۲۰۲۱, ۲۰۰ positive nasopharyngeal samples were collected, and ۱۷ known variants with the S gene were randomly selected for whole RdRp, E, and N gene sequencing. To facilitate sequencing, six primer sets were designed for the RdRp gene (RdRp۱, RdRp۲, RdRp۳), two for the N gene (N۱, N۲), and one for the E gene. Results: In total, out of ۴۰۰ milk samples collected from cow, buffalo, sheep, and goats based on the IS۱۱۱۱ gene, ۶۲ (۱۵.۵%), (۹۵% CI: ۱۲.۳%–۱۹.۴%) samples were positive for C. burnetii. Out of ۶۲ positive samples, ۱۶ (۲۵.۸%), (۹۵% CI: ۱۶.۶%–۳۷.۹%) samples contained QpH۱ plasmid gene and ۵ (۸%), (۹۵% CI: ۳.۵%–۱۷.۵%) samples contained QpRS plasmid gene. Also, there were ۷ (۱۱.۳%), (۹۵% CI: ۵.۶%–۲۱.۵%) positive samples for QpDG and ۵ (۱۱.۳%), (۹۵% CI: ۳.۵%–۱۷.۵%) positive to QpDV gene. The Phylogenetic analysis of plasmid sequences showed that all obtained sequences have ۱۰۰% similarity. A phylogenetic tree constructed based on neighbor-joining analysis of partial genes revealed that ۲۰ sequenced isolates were closely clustered together showing ۹۹.۹% similarity which can be considered identical and also revealed the ۱۰۰% similarly of these sequences with more sequences in the gene bank from different sources. Conclusion: Our results indicated that nested PCR has high sensitivity in detecting plasmids.

کلیدواژه ها

Milk, Q fever, Coxiella burnetii, Plasmid, Transposon genes, کوکسیلا بورنتی, پلاسمید, درختچه فیلوژنی, تب کیو, شیر

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.