پیش‌بینی ساختار دوم توالی tRNA فنیل آلانین در مختصات دو‌بعدی کارتزین
- سال انتشار: 1391
- محل انتشار: اولین همایش ملی دانشجویی بیوتکنولوژی
- کد COI اختصاصی: NSCBIO01_104
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 1136
نویسندگان
دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه اگروتکنولوژی، دانشگاه تهران
دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه تولیدات گیاهی، دانشگاه تهران
چکیده
بیوانفورماتیک، دانش استفاده از علوم کامپیوتر و آمار و احتمالات در شاخه زیست‌شناسی مولکولی است. در چند دهه اخیر، پیشرفت در زیست‌شناسی مولکولی و تجهیزات مورد نیاز تحقیق در این زمینه، موجب افزایش سریع تعیین توالی ژنوم بسیاری از گونه‌های موجودات شده است. ساختار دوم توالی مولکول‌های RNA برای بسیاری از موجودات ساده شناسائی شده است. در این مقاله، یک برنامه با استفاده از نرم‌افزار رایانه‌ای MATLAB برای پیش‌بینی و نمایش دو بعدی ساختار دوم توالی RNA با کمترین انرژی آزاد به وسیله مدل ترمودینامیکی نزدیکترین همسایه (INN) طراحی شد. توالی tRNA-phe (ساختار دوم فنیل‌آلانین tRNA) مربوط به یوکاریوت Saccharomycescerevisiae به عنوان نمونه از پایگاه داده بیوانفورماتیک NCBI استخراج شد و به عنوان ورودی برنامه مورد استفاده قرار گرفت. در برنامه تهیه شده، یک الگوریتم با استفاده از برنامه نویسی دینامیکی برای محاسبه انرژی مربوط به زیرساختارهای اولیه تعریف شد. سپس با در نظر گرفتن زیرساختارهایی که انرژی آزاد مربوط به آنها حداقل بود، ساختار دوم پیش‌بینی شد. مدل‌های ساختار دوم با حداقل انرژی آزاد در سه شکل نمودار برگی، نمودار با چهار انشعاب مجزا در محور مختصات و نمودار با استفاده از مدل برآمدگی و تو رفتگی به دست آمدند. از نمودارهای به دست آمده در مختصات دکارتی می‌توان در تحلیل رایانه‌ای مسائل بیوانفورماتیک که به روش تفکیک داده‌های ژنتیکی به دو قسمت بالا و پائین آستانه عمل می‌کنند، استفاده کرد.کلیدواژه ها
انرژی آزاد، بیوانفورماتیک، ساختار دوم RNA، مدل ترمودینامیکی، نرم‌افزار MATLABمقالات مرتبط جدید
- Synthesis and Characterization of Nitrogen-Doped Graphene Oxide/Iron Polyporphyrin Nanocomposite Material
- سنتز نانوکامپوزیت هیبریدی -۶۷-TisC۲Tx/ZIF به عنوان جاذب موثر در حذف آلاینده رنگی از پساب
- بررسی میانکنشهای درون مولکولی و بین مولکولی افی پروب طراحی شده برای شناسایی گیرنده HER۳ به منظور بهینه کردن ساختار آن
- Technological Advancements in BTEX Removal from Petrochemical Wastewater
- بررسی فرایندهای تجاری پلیمریزاسیون پلی ایزوبوتن لاستیک بوتیل
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.